| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | conserved protein of unknown function/conserved protein of unknown function |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,419,548 | 1 | . | C | 96.8% | 110.8 / ‑2.9 | 31 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | conserved protein of unknown function/conserved protein of unknown function |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (13/17); total (13/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
CATCCCCAACTCGGCATCATCCAGCAGCGCCTTGGCCATCGCGCTCAGGTAATGCGAGGCCCAGATCAGTTTCTGGTCGCCGTCCATCAGGCCGGTGATGATCAGGTCGCGCACGTAACCCATCAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGC‑TGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCTGCATCACGATCGAGCTGTGGGCGGTGGGTTTGAGTTGCACGGATTGGCGGGCCACGGACAGGGCGCAGAGTACGTACT > AE015451/1419251‑1419831 | catcCCCAACTCGGCATCATCCAGCAGCGCCTTGGCCATCGCGCTCAGGTAATGCGAGGCCCAGATCAGTTTCTGGTCGCCGTCCATCAGGCCGGTGATGATCAGGTCGCGCACGTAACCCATCAGTTCGGAAGCCTGTTCGCGGGCGTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggc‑tgg‑cct < 4:179440/301‑3 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |