| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 4,741,228 | +C | intergenic (+465/+288) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 4,741,228 | 1 | . | C | 97.1% | 255.5 / ‑1.5 | 69 | intergenic (+465/+288) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (35/32); total (36/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATCCACCACGAACTTGTTGGCCACCATCGCCGGCACGCTACCACCTGGCTCGGTGTGCACCTGGTAGGTCACTTCAGTGCTGTCACCCTTGGGCACCAGCTTCCAGAAGCCGTCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGTTTTCAGCCCAGGCCACAGGCGACAGCAGAACACCCACACCACACAGCAGTGCAATACGCTTGAACGATCTCATCATGTTTATCCTTGTTG > AE015451/4740928‑4741499 | cATCCACCACGAACTTGTTGGCCACCATCGCCGGCACGCTACCACCTGGCTCGGTGTGCACCTGGTAGGTCACTTCAGTGCTGTCACCCTTGGGCACCAGCTTCCAGAAGCCGTCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgag < 3:64027/301‑1 (MQ=255)cATCCACCACGAACTTGTTGGCCACCATCGCCGGCACGCTACCACCTGGCTCGGTGTGCACCTGGTAGGTCACTTCAGTGCTGTCACCCTTGGGCACCAGCTTCCAGAAGCCGTCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgag < 4:373949/301‑1 (MQ=255) ctCCACCACGAACTTGTTGGCCACCATCGCCGGCACGCTACCACCTGGCTCGGTGTGCACCTGGTAGGTCACTTCAGTGCTGTCACCCTTGGGCACCAGCTTCCAGAAGCCGTCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagc < 1:468759/300‑2 (MQ=255) caccacGAACTTGTTGGCCACCATCGCCGGCACGCTACCACCTGGCTCGGTGTGCACCTGGTAGGTCACTTCAGTGCTGTCACCCTTGGGCACCAGCTTCCAGAAGCCGTCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcagc > 1:43782/1‑297 (MQ=255) 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tCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCt > 4:414895/1‑301 (MQ=255) cTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTa > 4:216857/1‑301 (MQ=255) tttGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACt < 4:723027/301‑1 (MQ=255) ccACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCcttggacttgga > 1:124678/1‑301 (MQ=255) tgctcttccgatctcTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAcc < 3:571283/287‑1 (MQ=255) gAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc > 4:648930/1‑301 (MQ=255) 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cTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAccagatcggaagagcg > 1:571268/1‑287 (MQ=255) tCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCCCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATACGCCTTGTACTTGGACCCGGccccccacctgcgcgccc > 2:201136/1‑285 (MQ=255) aGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGC‑GTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGa > 3:64785/1‑301 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |