| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,126,645 | 1 | . | C | 98.7% | 274.9 / NA | 74 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base C (42/31); minor base G (0/1); total (42/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGGCTTTGTCACTGCCGTGGCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGAGCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGC‑TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGCTGTAGCCATGGGTCCATTCGCCAACCAGCTCAGCCG‑CAGTGTGCGGTGC‑GTTTTTCAGCGGGTTGTCGTCCTTGTCCAGGCTACCGTCCTCCACCGCGCGGATT > AE015451/1126346‑1126938 | caCGGCTTTGTCACTGCCGTGGCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGAGCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGC‑TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCCCCGGTaaaa > 1:183324/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |