| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | AE015451 | 5,342,745 | 1681 bp→GCGGCCGC | [pgi‑II] | [pgi‑II] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | AE015451 | 5342745 | 5344425 | 1681 | 75 [0] | [0] 74 | [pgi‑II] | [pgi‑II] |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | AE015451 | = 5342744 | 0 (0.000) | 73 (0.680) +GCGGCCGC |
72/584 | 0.4 | 100% | intergenic (+190/‑17) | panC/pgi‑II | pantothenate synthetase/glucose‑6‑phosphate isomerase |
| ? | AE015451 | 5344426 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑177) | pgi‑II/acsA‑II | glucose‑6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase | |||||
CGCCCGGCAGTGATCAATGATCGAGACCTGGTGGTGATTGCGGCGGCTTACCTGGGTAACACGCGGTTGATCGACAACCTCTACCTGCATTTGGAAGAGAAGACCGCATAACGGTCTTGGGCTGCCTTGCAGCCCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCACGTTTACCTGTAGGGGCGGGCTTGCTTGCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCAAGGGAACCCCGCGCAATGGCGTATTACCGTACACCCCACGATGTGACGGCCCTGCCCGCCTGGCAGGCGCTTCAGAAACACCGCGACGCCATGCAAAGCTTCAGCATGCGCGAAGCCTTCGCCGCCGATGCCAAGCGCTTCGACCAGTTTTCCCTCAGCGCTTGCGGCCTGTTCCTCGACTACTCGAAAAACCTGATCACCGAGCAAAGCCGCGATCTGCTGGTCAATCTGGCCAATGAAGTGGGCCTGCAGGACGCCATCAAGTCGATGTTCAGCGGTGAGATCATCAACGCCT > AE015451/5342444‑5343040 | cgcCCGGCAGTGATCAATGATCGAGACCTGGTGGTGATTGCGGCGGCTTACCTGGGTAACACGCGGTTGATCGACAACCTCTACCTGCATTTGGAAGAGAAGACCGCATAACGGTCTTGGGCTGCCTTGCAGCCCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCACGTTTACCTGTAGGGGCGGGCTTGCTTGCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCAcc < 4:462699/301‑1 (MQ=255) cGGCAGTGATCAATGATCGAGACCTGGTGGTGATTGCGGCGGCTTACCTGGGTAACACGCGGTTGATCGACAACCTCTACCTGCATTTGGAAGAGAAGACCGCATAACGGTCTTGGGCTGCCTTGCAGCCCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCACGTTTACCTGTAGGGGCGGGCTTGCTTGCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcgg > 3:485553‑M1/1‑297 (MQ=255) ggtaaatgatCGAGACCTGGGGGTGATTGCGGCGGCTTACCTTGGTAAAACGCGGTTGATCGACAACCTCTACCTGCATTTGGAAGAGAAGACCGCATAACGGTCTTGGGCTGCCTTGCAGCCCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCACGTTTACCTGTAGGGGCGGGCTTGCTTGCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctcc < 2:131012‑M1/297‑12 (MQ=255) aTCAATGATCGAGACCTGGTGGTGATTGCGGCGGCTTACCTGGGTAACACGCGGTTGATCGACAACCTCTACCTGCATTTGGAAGAGAAGACCGCATAACGGTCTTGGGCTGCCTTGCAGCCCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCACGTTTACCTGTAGGGGCGGGCTTGCTTGCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACCCACCgcggccgctccc > 4:264366‑M1/1‑289 (MQ=255) tCAATGATCGAGACCTGGTGGTGATTGCGGCGGCTTACCTGGGTAACACGCGGTTGATCGACAACCTCTACCTGCATTTGGAAGAGAAGACCGCATAACGGTCTTGGGCTGCCTTGCAGCCCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCACGTTTACCTGTAGGGGCGGGCTTGCTTGCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgg > 4:761260‑M1/1‑288 (MQ=255) tGATCGAGACCTGGTGGTGATTGCGGCGGCTTACCTGGGTAACACGCGGTTGATCGACAACCTCTACCTGCATTTGGAAGAGAAGACCGCATAACGGTCTTGGGCTGCCTTGCAGCCCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCACGTTTACCTGTAGGGGCGGGCTTGCTTGCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagctt < 3:601630‑M1/301‑18 (MQ=255) gATCCAGACCTGGTTGTTATTGCGGCGGCTTACCTGGGTAACACGCGGTTGATCGACAACCTCTACCTGCATTTGGAAGAGAAGACCGCATAACGGTCTTGGGCTGCCTTGCAGCCCATTCG‑CGGGCAAGCCCGCTCCTGCACGTTTACCTGTAGGGGCGGGCTTGCTTGCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttg < 4:358312‑M1/301‑19 (MQ=255) 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4:165848‑M1/1‑131 (MQ=255) gggggcgtgcgtccttgcaatgcccccacacTCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCCCGTGGCCTTTGCCTATAATGGAGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagag < 2:257017‑M1/288‑172 (MQ=255) aGGGGCGGGCTTGCTTGCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagag > 3:260545‑M1/1‑130 (MQ=255) cttgcttgCAATGCCCCCAAAATCCCCCTGCCATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccac < 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> 4:145768‑M1/1‑91 (MQ=255) cATACCCATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGATT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaataccccca > 4:292661‑M1/1‑90 (MQ=255) cccATTCCCGGCCCGTGGCCTTGGCCGCTAATGGGGACAGCCTGAACCCGGCACGGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGAACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggcc < 2:383734‑M1/301‑216 (MQ=255) cccATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatagccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggcc > 4:230959‑M1/1‑86 (MQ=255) ccATTCCCAGCACGTGGCCTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaactacccccaggccc > 4:319051‑M1/1‑85 (MQ=255) gTGGCCTTTGCCTATAATTGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagcca < 3:539984‑M1/301‑230 (MQ=255) gggccttggcacacaaggggcccagccggaccccggcaccgact‑GCCGGTTCCAAGCCCTAACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccag < 2:230920‑M1/280‑231 (MQ=255) ccTTTGCCTATAATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagcgcaggaccacccgccatgttcggtatccgcaaatacccccaggccctcgccgtcagccagtcc > 1:237723‑M1/1‑68 (MQ=255) tataATGGTGCCAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccagtccgccgccct < 4:543205‑M1/301‑242 (MQ=255) cAGCCTGAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgccagccagtccgcccccctcacccccgaac > 2:735464‑M1/1‑49 (MQ=255) ccctGAACCCGGCAACG‑CTGGCCGTGGCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccagtccgccgccctcacccccgaagac < 2:292608‑M1/300‑255 (MQ=255) gAACCCGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccagtccgccgccctcacccccgaagactacc < 3:371067‑M1/301‑259 (MQ=255) cccGGCAACGACT‑GCCGTGTCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccagtccgccgccctcacccccgaagactaccgcc < 4:735678‑M1/301‑262 (MQ=255) cccgccgcccttccgatcttcaccacgcaccgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccagtccgccgccctcacccccgaagactaccgccgcctctacc < 2:699167‑M1/282‑271 (MQ=255) ctaccgggtccaagccCGCACCCCGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacacgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccagtccgccgccctcacccccgaagactaccgccgcctctaccgc < 2:405769‑M1/294‑273 (MQ=255) gtgtCCAAGCCCTCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccagtccgccgccctcacccccgaagactaccgccgcctctaccgccagtc > 3:598743‑M1/1‑24 (MQ=255) tCACCACGCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccagtccgccgccctcacccccgaagactaccgccgcctctaccagatcggaagagcacacgt > 4:699349‑M1/1‑12 (MQ=255) gCACCgcggccgctccgagcttgtgccggcctcttcgcgggtaaacccgcctaccaggcaacgcgttacctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcccaggttgaacaccgctcccagctacactgtcttatcgaatagccgttgcagtccatcgccccttacaagagcaggaccacccgccatgttcgatatccgcaaatacccccaggccctggccgtcagccagtccgccgccctcacccccgaagactaccgccgcctctaccgccagtcggtcgaagacccagacacc > 3:594303‑M1/1‑5 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |