| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | AE015451 | 2,032,505 | 1680 bp→GCGGCCGC | [pgi‑I] | [pgi‑I] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | AE015451 | 2032505 | 2034184 | 1680 | 96 [0] | [0] 93 | [pgi‑I] | [pgi‑I] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | = 2032504 | 0 (0.000) | 91 (0.840) +GCGGCCGC |
82/584 | 0.2 | 100% | intergenic (‑260/‑16) | kdsA‑II/pgi‑I | 2‑dehydro‑3‑deoxyphosphooctonate aldolase/glucose‑6‑phosphate isomerase |
| ? | AE015451 | 2034185 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/+1440) | pgi‑I/PP_5477 | glucose‑6‑phosphate isomerase/conserved protein of unknown function | |||||
CAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAATTACTTTCGTGGTAAACACCGTGGCTGACCCTGCTTGATACTGGCCCGGCGGGAGGAGCGTCCGAGC‑GGAGCTGGTGGTCGCCGGAAACACTAGCGCATCATGGCGGTGAATAGCAGGCCGCATTTCGACGCAGAGGTGGTACAGTCAACAGGGTAGGTAATTCGCAGATTTTGTCATCCATCCAAGTGCTAATGCTCTTGGATGGGGCTCAGTCCCAGTTGTGACTAGAGGATCTGAATGTACAATGCACTTCTGCTAATCGCTGCAATTGCCCTTACCGGATGCGCTGCGTCCTCGGAAATGAAGACGGTGAGAGGTAAGAC > AE015451/2033886‑2034480 | agcattcgattgtggagttgatcttgatcattttttactcgataggtccttagggggcaacccgcaggacatggcaaagggataatagtcagcgcgcccttgctaaccgtggttgtgccgattctacaatttttctgctgcctttcgagcatggcgaggctgccaggcgtttgtgagcggtattttgcgcgcatgaatgcggcttttccctttcttgcgcatgggcattgcctataatgtcgccgacgtggaacctgacaacgattgataggttctggctttacccgtatcgcggccgccc > 3:238936‑M2/300‑301 (MQ=255) 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acccgtatcgcggccgcCCCTGCTTGATACTGGCCCGGCGGGAGGAGCGTCCGAGC‑GGAGCTGGTGGTCGCCGGAAACACTAGCGCATCATGGCGGTGAATAGCAGGCCGCATTTCGACGCAGAGGTGGTACAGTCAACAGGGTAGGTAATTCGCAGATTTTGTCATCCATCCAAGTGCTAATGCTCTTGGATGGGGCTCAGTCCCAGTTGTGACTAGAGGATCTGAATGTACAATGCACTTCTGCTAATCGCTGCAATTGCCCTTACCGGATGCGCTGCGTCCTCGGAAATGAAGACGGt < 1:196060‑M2/284‑1 (MQ=255) atcgcggccgcCCCTGCTTGATACTGGCCCGGCGGGAGGAGCGTCCGAGC‑GGAGCTGGTGGTCGCCGGAAACACTAGCGCATCATGGCGGTGAATAGCAGGCCGCATTTCGACGCAGAGGTGGTACAGTCAACAGGGTAGGTAATTCGCAGATTTTGTCATCCATCCAAGTGCTAATGCTCTTGGATGGGGCTCAGTCCCAGTTGTGACTAGAGGATCTGAATGTACAATGCACTTCTGCTAatcgctgcaattgcccttaccggatgcgctagatcggaagagcgtcgtgtagggaaaga > 2:137701‑M2/12‑272 (MQ=255) cgcggccgcCCCTGCTTGATACTGGCCCGGCGGGAGGAGCGTCCGAGC‑GGAGCTGGTGGGTGCCGGAAACACTAGCGCATCATGGCGGTGAATAGCAGGCCGAATTTCGACGCAGAGGTGGTACAGTCAACAGGGTAGGTAATTCGCAGATTTTGTCATCCATCCAAGTGCTAATGCTCTTGGATGGGGCTCAGTCCCAGTTGTGACTAGAGGATCTGAATGTACAATGCACTTCTGCTAATCGCTGCAATTGCCCTTACCGGATGCGCTGCGTCCTCGGAAATGAAGACGGTGAGAGGTa < 4:311271‑M2/292‑1 (MQ=255) ggccgcCCCTGCTTGATACTGGCCCGGCGGGAGGAGCGTCCGAGC‑GGAGCTGGTGGTCGCCGGAAACACTAGCGCATCATGGCGGTGAATAGCAGGCCGCATTTCGACGCAGAGGTGGTACAGTCAACAGGGTAGGTAATTCGCAGATTTTGTCATCCATCCAAGTGCTAATGCTCTTGGATGGGGCTCAGTCCCAGTTGTGACTAGAGGATCTGAATGTACAATGCACTTCTGCTAATCGCTGCAATTGCCCTTACCGGATGCGCTGCGTCCTCGGAAATGAAGACGGTGAGAGGTAAGa > 3:337787‑M2/7‑301 (MQ=255) gccgcCCCTGCTTGATACTGGCCCGGCGGGAGGAGCGTCCGAGC‑GGAGCTGGTGGTCGCCGGAAACACTAGCGCATCATGGCGGTGAATAGCAGGCCGCATTTCGACGCAGAGGTGGTACAGTCAACAGGGTAGGTAATTCGCAGATTTTGTCATCCATCCAAGTGCTAATGCTCTTGGATGGGGCTCAGTCCCAGTTGTGACTAGAGGATCTGAATGTACAATGCACTTCTGCTAATCGCTGCAATTGCCCTTACCGGATGCGCTGCGTCCTCGGAAATGAAGACGGTGAGAGGTAAGAc < 4:584825‑M2/296‑1 (MQ=255) | CAGACATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACATTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAACTGGGCAAGAGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAATTACTTTCGTGGTAAACACCGTGGCTGACCCTGCTTGATACTGGCCCGGCGGGAGGAGCGTCCGAGC‑GGAGCTGGTGGTCGCCGGAAACACTAGCGCATCATGGCGGTGAATAGCAGGCCGCATTTCGACGCAGAGGTGGTACAGTCAACAGGGTAGGTAATTCGCAGATTTTGTCATCCATCCAAGTGCTAATGCTCTTGGATGGGGCTCAGTCCCAGTTGTGACTAGAGGATCTGAATGTACAATGCACTTCTGCTAATCGCTGCAATTGCCCTTACCGGATGCGCTGCGTCCTCGGAAATGAAGACGGTGAGAGGTAAGAC > AE015451/2033886‑2034480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |