| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 4,741,240 | 2 bp→CT | intergenic (+477/+275) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 4,741,240 | 0 | A | C | 97.1% | 256.5 / ‑2.2 | 69 | intergenic (+477/+276) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (35/32); total (36/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | AE015451 | 4,741,241 | 0 | C | T | 97.1% | 235.4 / ‑2.1 | 69 | intergenic (+478/+275) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (35/32); total (36/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
GCTTCCAGAAGCCGTCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGTTTTCAGCCCAGGCCACAGGCGACAGCAGAACACCCACACCACACAGCAGTGCAATACGCTTGAACGATCTCATCATGTTTATCCTTGTTG > AE015451/4741027‑4741499 || ccTTCCAGAAGCCGCCGACTTTTGCCACCCGAACAAACCCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTcac < 1:181584/300‑1 (MQ=255) aaaaGCCGTGGACTTTTGACACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTATTCTGTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑Ccgcg < 2:253139/299‑1 (MQ=255) cGTCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGc > 3:19331/1‑301 (MQ=255) tCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCt < 3:43783/301‑1 (MQ=255) tCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCt > 4:414895/1‑301 (MQ=255) cTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTa > 4:216857/1‑301 (MQ=255) tttGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACt < 4:723027/301‑1 (MQ=255) ccACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCcttggacttgga > 1:124678/1‑301 (MQ=255) tgctcttccgatctcTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAcc < 3:571283/287‑1 (MQ=255) gAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc > 4:648930/1‑301 (MQ=255) cAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 3:261570/1‑301 (MQ=255) cAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 3:200065/1‑301 (MQ=255) cAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:465822/1‑301 (MQ=255) aaaaCCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 4:530185/1‑301 (MQ=255) aaaaCCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 4:537127/1‑301 (MQ=255) ccccTTCTCTTCCGGCAGGGAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCa < 2:530052/300‑1 (MQ=255) cTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAccagatcggaagagcg > 1:571268/1‑287 (MQ=255) tCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCCCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATACGCCTTGTACTTGGACCCGGccccccacctgcgcgccc > 2:201136/1‑285 (MQ=255) aGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGa > 3:64785/1‑301 (MQ=255) 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ggCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTC‑CACCCGCCTTAGCCCTTGTACTTGGGCCCGGCAACCGCCCTGGCGGACACCTTGATCCcgtccc > 2:303317/1‑300 (MQ=255) ctctTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcc > 1:639824/1‑300 (MQ=255) ttcttTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTTAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtcc > 2:457054/1‑301 (MQ=255) 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GCTTCCAGAAGCCGTCGACTTTTGCCACCCGAACAAAACCCTTCTCTTCCGGCAGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACA‑CCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCCAGTTTTCAGCCCAGGCCACAGGCGACAGCAGAACACCCACACCACACAGCAGTGCAATACGCTTGAACGATCTCATCATGTTTATCCTTGTTG > AE015451/4741027‑4741499 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |