| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AE015451 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,126,645 | 1 | . | C | 94.9% | 211.0 / 0.0 | 59 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (29/27); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCTTTGTCACTGCCGTGGCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGAGCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAA‑C‑C‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCA‑GGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGCTGTAGCCATGGGTCCATTCGCCAACCAGCTCAGCCGCAGTGTGCGGTGCGTTTTTCAGCGGGTTGTCGTCCTTGTCCAGGCTACCGTCCTCCACCGCGCGGATTT > AE015451/1126349‑1126939 | ggcgttGTGACTGACGTGGCCTTTGCCGGGGGGGCCCAGTGAGCCATACAGTGCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAA‑c‑ccg < 2:228558/297‑3 (MQ=255) ccgcttccgtgcttgccgttgGCGCCCAGTCAGCCATACAGCTCGGACTTGACGACGGCGGTGCCGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGTCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACC‑C‑GCTCCTAcaca < 2:40689/282‑1 (MQ=255) ccGTGGCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGAGCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGGGAAATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTTAAGGCCCTGGTTTCACCGCCAATGCGGAGGGTA‑AGCCACCATCTCCTTCGCGGGTCAAA‑C‑C‑GCCACTacaccatc > 2:402805/1‑297 (MQ=255) cTTTGCCTGTGCCGCCCAGGCAGCCATCCAGCTCGGCTTTGAGGCTGGCGGTGCCGGCCCGCAGGCCGTCGCGGCGCAACGCTTCAGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTTGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACC‑C‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCa < 4:482568/301‑1 (MQ=255) 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gatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACC‑C‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTTCCTTTCACCAGGCCCGCCA‑ggg > 2:139271/1‑301 (MQ=255) atCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACC‑C‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCC‑gggg > 2:753216/1‑301 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACC‑C‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCA‑GGGGGtata > 4:456492/1‑301 (MQ=255) 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GGCTTTGTCACTGCCGTGGCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGAGCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAA‑C‑C‑GCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCA‑GGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGCTGTAGCCATGGGTCCATTCGCCAACCAGCTCAGCCGCAGTGTGCGGTGCGTTTTTCAGCGGGTTGTCGTCCTTGTCCAGGCTACCGTCCTCCACCGCGCGGATTT > AE015451/1126349‑1126939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |