| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | 5513317 = | 0 (0.000) | 93 (1.410) | 68/564 | 0.0 | 100% | intergenic (+95/‑59) | urtD/urtE | putative Urea ABC transporter, ATP‑binding protein/putative Urea ABC transporter, ATP‑binding protein |
| ? | AE015451 | 5756808 = | NA (NA) | intergenic (+485/‑203) | glnG/PP_5050 | two‑component system DNA‑binding transcriptional dual regulator GlnL/GlnG/transposase | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
ATGCCGAGACCGAATTTACCGCCGAGCTGTTCAAGGGCCTGGCTGGCAAGCATTCGCTGATGGTGGTGGAGCATGACATGGGCTTCGTCGGCAGCATTGCCGACCATGTGACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCACAGCATCCCTTTCAGGAACTCTCACATGCTCAAGATCGACACCCTGCACCAGTACTACGGCGGCAGCCACATCCTGCGCGGCCTGTCCTTCGAAGCCAAGATCGGCGAAGTGACCTGCCTGCTGGGCCGCAACGGCGTGGGCAAGACCACCTTGCTGCGCTGCCTGATGGGCCTGGTGCCCGCCCGCGAC‑GGCAGCATCGAATGGGAAGGCAAGCCGATCACCGCGCTCAAACCGCAGCAACGGGTGCAGGCCGGCATCGCCTACG > AE015451/5513020‑5513616 | tccgatctaccgaatttACCGCCGAGCTGTTCAAGGGCCTGGCTGGCAAGCATTCGCTGATGGTGGTGGAGCATGACATGGGCTTCGTCGGCAGCATTGCCGACCATGTGACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGat < 3:281495‑M1/293‑3 (MQ=255) cGAGACCGAATTTACCGCCGAGCTGTTCAAGGGCCTGGCTGGCAAGCATTCGCTGATGGTGGTGGAGCATGACATGGGCTTCGTCGGCAGCATTGCCGGCCATGTGACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGattcta < 4:209730‑M1/301‑7 (MQ=255) acagaatTTACCGCCGAGCTGTTCAAGGGCCTGGCTGGAAAGCATTCGCTGATGGTGGTGGGGAATGACATGGGCTTCGTCGGCAGCATTGCCGACCATGTGACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGattctatggc < 2:468953‑M1/298‑11 (MQ=255) ttcggagcggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAagag > 1:18498‑M1/281‑301 (MQ=255) cagacgtgtgctcttccgatctttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg > 4:54688‑M1/280‑301 (MQ=255) ggagcggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaattcctaccatacaCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGcc < 2:717342‑M1/24‑1 (MQ=255) ggagcggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGcc < 3:216144‑M1/24‑1 (MQ=255) ggagcggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGcc < 3:411644‑M1/24‑1 (MQ=255) cggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCcggcc < 4:31634‑M1/28‑2 (MQ=255) ggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCcggcag < 4:48976‑M1/29‑2 (MQ=255) ggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcac < 1:281664‑M1/29‑1 (MQ=255) ggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcac < 4:387538‑M1/29‑1 (MQ=255) ggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcac > 4:111180‑M1/273‑301 (MQ=255) ggcttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctccccctcccttcaagtcctaccatcccAGCGGGTTTACCCGCCAAACGGCCggcac < 2:784570‑M1/29‑1 (MQ=255) gttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggaaattgccatgaatagctgctccttggagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcacag > 4:26133‑M1/271‑301 (MQ=255) cttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcacag < 2:176093‑M1/31‑1 (MQ=255) ttgaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccggcagatc < 4:668409‑M1/32‑5 (MQ=255) gaatcaccagttcatctttggaggtgtccacgccagcttcgattgtgattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcacaggca < 3:586330‑M1/34‑1 (MQ=255) gacgtgtgctcttccgatctgtccacgccagcttcgattgggattgcggacattgccatgaatagctgctccttgtagcgtagtgtgacttgaagggcacaccctggcgcaggcttgcttctattgtcgcttgctcgcgaggcattccttatcggcgcttgggtgttgaaaggaggaggggtgatttctcctacggtctgtactgcgcgaacagtcagaagcgagttatggccctcctcctcccttcaagtcctaccatacaAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCACAGCa > 3:380585‑M1/263‑301 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |