Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | AE015451 | 4,348,705 | 0 | A | G | 31.7% | 121.2 / 90.7 | 104 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | Group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/34); new base G (17/16); total (54/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCCTGAGGTTGGCCGGTGCAAGCACCCGCTCCATCAGCGTGTCCGGCTCCGCGTTCGTCCACGTCGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT‑CACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTA‑GCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCA > AE015451/4348437‑4349004 | tggagttcagacgtgtgctcttccgatcttCCATCAGCGTGTCCGGCTCCGCGTTCGTCCACGTCGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 4:676083/272‑1 (MQ=255) gcCTGAGGTTGGCCGGTGCAAGCACCCGCTCCATCAGCGTGTCCGGCTCCGCGTTCGTCCACGTCGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 2:652450/301‑1 (MQ=11) ctttccctacacgacgctcttccgatcttCCATCAGCGTGTCCGGCTCCGCGTTCGTCCACGTCGCTGACGCCACCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 1:192696/273‑1 (MQ=11) ggAGGTTGGCCGGTGCAAGCACCCGCTCCATCAGCGTGTCCGGCTCCGCGTTCGTCCACGTCGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGc < 3:7704/300‑1 (MQ=14) 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gACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT‑CACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTA‑GCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTccc > 2:727855/1‑299 (MQ=18) gCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT‑CACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTGCGGCTC‑GCACTTCCCCTGGCCGGGGGTGTAGAGGACTTTcccaccacaa > 2:413006/1‑292 (MQ=255) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCTGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT‑CACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTA‑ACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGt > 4:64638/1‑301 (MQ=14) aCGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT‑CACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTA‑ACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCACGTc > 4:45242/1‑301 (MQ=14) gCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT‑CACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTA‑GCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCAc > 3:401107/1‑301 (MQ=33) cATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT‑CACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTA‑GCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCAcccc > 3:278491/1‑300 (MQ=18) | GCCTGAGGTTGGCCGGTGCAAGCACCCGCTCCATCAGCGTGTCCGGCTCCGCGTTCGTCCACGTCGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT‑CACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTA‑GCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCA > AE015451/4348437‑4349004 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |