Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 699,722 | 0 | A | G | 58.4% | 6.2 / 151.3 | 125 | intergenic (+115/‑129) | PP_t06/PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/31); new base G (38/35); total (59/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCAAACAGACTGTGATCC > AE015451/699425‑699956 | tgttttaagtctgttacttaGTTGGTTAAGGCGCACCCCCGGTAAAGGTTAGGTCGGCCAGTTCAATCCTGCCC‑GAACTAACAATACAAGGTTCAGGCGTAGAATACCGGGCCATAGCTTAGCCGGGAGAGCGGCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCCGGTCGATCCCGCTTGGCTCCAACACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTg < 1:70197/282‑1 (MQ=11) gTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAACATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGa > 1:355711/1‑301 (MQ=18) aGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACAcc < 4:503547/301‑1 (MQ=33) ggTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCa < 3:342415/301‑1 (MQ=33) gTCTATAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAg < 2:415718/301‑1 (MQ=18) tCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGt < 3:454721/301‑1 (MQ=33) tGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGCTCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGttt > 1:111453/1‑301 (MQ=18) gaGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCa < 2:578926/300‑1 (MQ=18) gatctgTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGACCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCActgctg < 3:493875/296‑1 (MQ=18) ttGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggt < 4:67104/301‑1 (MQ=33) 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tgtgctcttccgatcTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCaa < 3:364372/287‑1 (MQ=11) aaaTGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAgagatcggaagagcgtcgtgtagggaaag > 1:478822/1‑273 (MQ=11) aaTGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCaaa > 1:39922/1‑301 (MQ=17) aaTGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATAGGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCaaa > 4:555273/1‑301 (MQ=17) aaCATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGAGGAAAGACGAGGTAGCCTGCGATAAGCTTGGGGGaagatcggaagagg > 1:451377/1‑288 (MQ=255) cATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCAAACAGACt > 1:600229/1‑301 (MQ=32) | TGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGG‑CAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCAAACAGACTGTGATCC > AE015451/699425‑699956 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |