Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AE015451 | 278,744 | +A | intergenic (‑239/+75) | PP_0224 ← / ← sctC | Monooxygenase, DszC family/sulfur compound ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 278,742 | 1 | . | A | 97.8% | 308.5 / ‑2.7 | 91 | intergenic (‑237/+77) | PP_0224/sctC | Monooxygenase, DszC family/sulfur compound ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base A (46/43); total (47/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
CCGGCAGCAGCGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGT‑AAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCG‑CCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGATGGTCGCCAA > AE015451/278442‑279034 | ttccgatctgcGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGt < 2:705348/292‑1 (MQ=255) tctttccctacccgacgctcttccgatcTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGT‑aaacc < 1:660475/274‑4 (MQ=255) gcagcGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGT‑aaaccc < 2:477194/301‑5 (MQ=255) gcagcGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGT‑aaaccc < 1:229926/301‑5 (MQ=255) ctcGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGc < 1:574372/299‑1 (MQ=255) gcGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGT‑agatcggaa > 4:705590/1‑293 (MQ=255) cGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGcag > 3:574384/1‑299 (MQ=255) 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ctGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTAcc < 3:559231/301‑1 (MQ=255) tGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTAccc > 2:111370/1‑301 (MQ=255) gCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg > 4:398166/1‑301 (MQ=255) cATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑GTGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAAATCTGTGCACTggaggacggggttcgctcggaa > 2:211820/1‑285 (MQ=255) tCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAAc < 4:38102/301‑1 (MQ=255) cACTTAATGCCCTGGAGGTTA‑GCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGAACTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTc < 2:248733/301‑1 (MQ=255) 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tGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCGGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGCACTGCcgcgg > 2:159406/1‑300 (MQ=255) aCCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTCCTCGGAGGCCGCAGTCCCCAGGAACTTGCCCAAgcacctccccttcc > 2:478223/1‑288 (MQ=255) ccATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGGGGCACTTGCGCAACGACTGCCGCGTAcc > 2:33706/1‑300 (MQ=255) 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ctctTCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCG‑CCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGATGGTCg > 3:645025/1‑301 (MQ=255) tCG‑CGGGTAAAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCG‑CCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGATGGTCGCCaa < 3:510129/301‑1 (MQ=255) | CCGGCAGCAGCGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGG‑CGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTAC‑AGAGGTGCCGGGCTCTTCG‑CGGGT‑AAC‑CCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCG‑CCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGATGGTCGCCAA > AE015451/278442‑279034 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |