| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,126,645 | 1 | . | C | 97.6% | 299.9 / ‑1.8 | 83 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (42/39); total (43/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTTGTCACTGCCGTGGCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGA‑GCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGCTGTAGCCATGGGTCCATTCGCCAACCAGCTCAGCCGCAGTGTGCGGTGCGTTTTTCAGCGGGTTGTCGTCCTTGTCCAGGCTACCGTCCTCCACCGCGCGGATTT > AE015451/1126351‑1126939 | cTTTGTCACTGCCGTGGCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGA‑GCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑A‑cccgcc > 1:575138/1‑297 (MQ=255) tGTCACGGCCGGGGGCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGA‑GCCATACAGCTCGGGTTTGAGGCGGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCt < 1:163583/301‑1 (MQ=255) ttCACTGCCGTGGCCTTTCCCTGTGGCGCCCAGTGA‑GCCGTACGGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTa < 4:782883/300‑1 (MQ=255) gCCGTGGCCTTTGCCTGTGGCGCCCAG‑GAGGCCATCCAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGGGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTACACaga < 4:719570/301‑1 (MQ=255) gggCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGA‑GCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTACACAGAGccc < 4:301590/300‑1 (MQ=255) ggCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGA‑GCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGTGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCg > 3:288642/1‑301 (MQ=255) gCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGA‑GCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCACCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGc > 3:682737/1‑301 (MQ=255) 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ccTGTGGCGCCCAGTGA‑GCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCaa > 3:580498/1‑301 (MQ=255) gcCCAGTGA‑GCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCTGGCTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTg > 2:541025/1‑301 (MQ=255) aggaggccatcccgctcggcgtggccgcgggcggcGCGGGCCAGCGGTCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAACCCGCGGAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgg < 2:870/272‑1 (MQ=255) 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tGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGAGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTCCACAGAGCCCCCCACCCAAGCCCGGTGGCGGGGAAGGccaccaagcctcctgg > 2:105841/1‑286 (MQ=255) cTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCATCCCTTCGGCAAACCGCTCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGAGGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGct < 4:506855/301‑1 (MQ=255) cTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGTTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCAGAtcgga > 4:392109/1‑297 (MQ=255) 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CTTTGTCACTGCCGTGGCCTTTGCCTGTGGCGCCCAGTGA‑GCCATACAGCTCGGCTTTGACGCTGGCGGTGCGGGCCAGCAGGCCGTCACGGCGCAGCCCTTCGGCAAACCGCGCAGCGGCGCGCATCGGGCCGACCGTGTGGGAGCTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTACTTGCCTTCCACCAGGCTCGCCAGGGGGTATACCGCCTGCTCGCGGCTGTAGCCATGGGTCCATTCGCCAACCAGCTCAGCCGCAGTGTGCGGTGCGTTTTTCAGCGGGTTGTCGTCCTTGTCCAGGCTACCGTCCTCCACCGCGCGGATTT > AE015451/1126351‑1126939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |