| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | AE015451 | 5,342,745 | 1681 bp→GCGGCCGC | [pgi‑II] | [pgi‑II] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | AE015451 | 5342745 | 5344425 | 1681 | 70 [0] | [0] 74 | [pgi‑II] | [pgi‑II] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | = 5342744 | 0 (0.000) | 70 (0.680) +GCGGCCGC |
65/584 | 0.4 | 100% | intergenic (+190/‑17) | panC/pgi‑II | pantothenate synthetase/glucose‑6‑phosphate isomerase |
| ? | AE015451 | 5344426 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑177) | pgi‑II/acsA‑II | glucose‑6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase | |||||
CATCGAAAAGCTGGCCCCGCACAAGGTGATCCCGGGTAACCGCCCGAGCAACACGTTGGTGGTCGAGCGCATCAGCCCGCGCCGGCTGGGTGCGCTGGTGGCCATGTACGAGCACAAGGTGTTCGTACAGAGCGTTATCTGGGGTATCAACGCCTTCGATCAGTGGGGCGTCGAGCTGGGCAAGGAGCTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTGGCCGTCAGCCAGTCCGCCGCCCTCACCCCCGAAGACTACCGCCGCCTCTACCGCCAGTCGGTCGAAGACCCAGACACCTTCTGGGCCG > AE015451/5344131‑5344723 | caatgatcgagacctggtggtgattgcggcggcttacctgggtaacacgcggttgatcgacaacctctacctgcatttggaagagaagaccgcataacggtcttgggctgccttgcagcccattcgcgggcaagcccgctcctgcacgtttacctgtaggggcgggcttgcttgcaatgcccccaaaatccccctgccatacccattcccagcacgtggcctttgcctataatggttcccgcctgaacccggcaccgactgccgttgccaagccctcaccacgccccgcggccgcCccggg > 2:734959‑M2/296‑299 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |