Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 2,550,125 | 0 | G | A | 68.2% | 58.5 / 121.9 | 135 | noncoding (1436/1522 nt) | PP_16SF | 16S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/22); new base A (44/48); total (65/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCT‑GATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAG > AE015451/2549987‑2550421 | aaCTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGa > 3:7838/1‑301 (MQ=11) cTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGagc > 2:626750/1‑299 (MQ=11) gACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTg > 4:795201/1‑301 (MQ=31) gACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTg > 1:644621/1‑301 (MQ=14) aCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGt < 3:424392/301‑1 (MQ=14) cTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGtt < 3:639903/301‑1 (MQ=31) gCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGTtat < 2:288271/301‑1 (MQ=31) 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aaTCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGCt > 1:515709/1‑301 (MQ=31) cGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAg < 1:255402/301‑1 (MQ=14) cTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGtt < 2:819832/301‑1 (MQ=14) 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aaCCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCATGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCT‑GATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAgcagatcggaagagcgtcgtgtag > 2:103930/1‑278 (MQ=11) tCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCT‑GATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGgaga < 4:429507/301‑1 (MQ=14) cGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCT‑GATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATaagatcggaagagcgg > 1:548583/1‑286 (MQ=9) | AACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGACGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCT‑GATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAG > AE015451/2549987‑2550421 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |