| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 2,935,792 | G→A | intergenic (+87/‑175) | PP_2568 → / → PP_2569 | Ring‑cleaving dioxygenase/Metabolite MFS transporter, MHS family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 2,935,792 | 0 | G | A | 98.9% | 313.5 / NA | 88 | intergenic (+87/‑175) | PP_2568/PP_2569 | Ring‑cleaving dioxygenase/Metabolite MFS transporter, MHS family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (46/41); minor base T (1/0); total (47/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGGCGCAACCTGCACCATTTCTGCCTGCGCATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGGCCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGACAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAGGAGGAGCGCAAGGTCATCTTCGCCTCGTCCCTGGGCACGGTATTCGAGTGGTACGACTTCTA > AE015451/2935504‑2936085 | aGGGCGCAACCTGCACCATTTCTGCCTGCGCATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCGGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCCGGTgg > 2:820429/1‑301 (MQ=255) gggCGCAACCTGCACCATTTCTGCCTGCGCATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTgg < 1:453498/300‑1 (MQ=255) cgcAACCTGCACCATTTCTGCCTGCGCATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTgg < 1:517770/297‑1 (MQ=255) gcAACCTGCACCATTTCTGCCTGCGCATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCTGGTGGATATc > 2:158882/1‑301 (MQ=255) ccTGCACCATTTCTGCCTGCGCATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTTACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATcc < 1:636660/298‑1 (MQ=255) ccTGCACCATTTCTGCCTGCGCATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATcc > 2:636635/1‑298 (MQ=255) ctgcGCATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGc > 1:677386/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |