Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 441,326 | 0 | G | . | 25.4% | 134.2 / 48.9 | 55 | coding (207/1173 nt) | bioF | 8‑amino‑7‑oxononanoate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/19); new base . (8/6); total (30/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGCACGCCGACGAAGTGCACCAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAGCCGCCTGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTG > AE015451/441027‑441623 | agCACGCCGACGAAGTGCACCAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCCGCAATGACTACCTGGCCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCACCGAGCGCTGGGGTGT‑gg > 1:159139/1‑301 (MQ=255) gCCGACGAAGTGCACCAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCCATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑ggggggg > 1:57378/1‑301 (MQ=255) gaAGTGCACCAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGAACGCAGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCCGGGGTGG‑GGGGGGGGGGGcc > 1:44728/1‑301 (MQ=255) gTGCACCAGGCAGCAAGGGGGCAAGGGCTGGTCGGGCAGCGCAGCAGCGAGTTGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCGGGCAGGCCGGGGCCGGGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCg < 1:168535/301‑1 (MQ=255) ccatcgagcaagccctgtggtagaaggcaagcagcGAGATGTGCTACTACGCGCCGAAAGCCGGCAATGGCTTC‑CGAGTTGGCAGCGCGCCGGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTTGATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGTTAGTTgg < 2:188496/272‑1 (MQ=255) cATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCCACCGCTGGGGGTT‑GGGGGGGGGGTCCTGGCACCGGGTAGTTgt > 2:869081/1‑300 (MQ=255) aaGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCCAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACGACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTTATCGCCCCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCCGGGGTGT‑ggggggggggcccccacccggcgagttggccgcagccc > 2:438179/1‑273 (MQ=255) cTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCAccccc > 1:204325/1‑300 (MQ=255) cTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGC‑CCCCGc > 1:761197/1‑301 (MQ=255) tGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCGGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCCCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGCGCGCGGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCCCGccccgcgcagctggtcccagcgccccgc > 2:642409/1‑274 (MQ=255) gTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGTCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCCCCCCGCAc > 1:309461/1‑301 (MQ=255) gaagggaagcagcGAAGTGTTCTACGGCGCCGCGCCCGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGGGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCCACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGGGCGCTGGGGTGTGGGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATc < 1:797892/294‑1 (MQ=255) gcagcGAGATGTTCGACGACGCCGCACCAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCAGCAGACCTGGATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTAGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAa‑ga < 1:563319/301‑1 (MQ=255) gtGTTCTGCGACGCCGGGACCGCCTGACATGGCTTT‑CGCCATGGCAGCGCGCCTGGCCGGACGGGGCGCCGCAGACCTGGATCGGCAGCGGCCAGTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGGAGTGGTGGTGGCCGGCCCGCG‑GTTTCTTGCCTTCTGCAGCAATGACTACCCGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGGGATCGGCGCCTGGCCGGCCGGCGCCGGGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTgg < 2:567797/300‑1 (MQ=255) gTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTCCTGCAGCAATGAATACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGCGT‑GGGCGGGGGGGCCTCGAACCGGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCATTGGc > 1:111894/1‑301 (MQ=255) cgcccgCCTGACACGGCTTTGCG‑CCGGGCAGCGCGCCGGGCCAGACGGCGCGCAGAAGACCAGTAGCGGCAGCGGCCATTGCGGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGGGTTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGgcc < 2:204256/296‑1 (MQ=255) cgACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCCATGGGT‑GAACTCC‑CCGgcc > 2:653023/1‑301 (MQ=255) cAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGCAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGCGGTGATCGCCGCCTGGCCGGCCGGCGCCGAGGGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGCTAGTTGG‑CC‑ACAGCAACCCGCACCATCATGTTTGA‑CAGGCACTGGCT‑Gacccccacgcccgccc > 2:373869/1‑286 (MQ=255) gACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGCAGTTGG‑CC‑ACAGCCCCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCCCTGCCT‑GAACTCA‑CCGgcccgccacgcc > 2:293410/1‑292 (MQ=255) tGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCCAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCAGCAGGTGGAA‑GAGGCACTGGCG‑GAACTCA‑CCGCCCGCCCGCG‑CGCCCtc > 2:383270/1‑300 (MQ=255) cTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGCTCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACTGGGTGGTTGG‑CCGAC‑GCCCCCCGCACCGTCAGGATGAA‑GAGCCCCTGGCT‑CAAC‑CACCCGCCCTCCCGCG‑CGCCCtgtt > 2:878806/1‑301 (MQ=255) aCCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCGGGTAGTGGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTAAA‑GGGGACCGGGCT‑GAACTC‑‑CCGGCCCCCCGCGCCGCCC‑GTTGTtctgcc > 1:208293/1‑298 (MQ=255) tGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTA‑TTGGCCC‑ACAGCACCCCCCACCATCAGGTTGCA‑GAGGCACTGGCT‑GACCTCA‑CGGCCCCCCCGCG‑CGCCCTGTGGTTCTCCAc > 1:368569/1‑301 (MQ=255) gggcggcgagcCTGGCCGAACGGGGGGCCGCAAACCGGGATCTGCAGCGGCCATTGATGGAAAGGCAGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGGCGACTGCCAGCGCGTT‑CTGGCCTTCTGCAGCCATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCAGCCCGGGGGGTGCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCAc < 2:14495/292‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCCGGACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCAATTGCGGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCGGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGGGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCtat < 1:380512/301‑1 (MQ=255) ccTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GCACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATg > 1:629001/1‑301 (MQ=255) ggccggaaggggggccggAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATGGGGGGAAAGGCCGGCAGGGCCGGGAGGGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGGCAGGCCTACCCGGGCCTGGCCAACCACCCCGGGGGGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGGGCGGTGGGGTGG‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGcc < 1:631664/288‑1 (MQ=255) ggCCGAACGGCGCTCCGCAGACCTGGTGCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGCGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCa < 2:874257/301‑1 (MQ=255) ggCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGCGCGCTGGTGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCCCACCACCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCGGTGGTTCTCCCCCGGCTCTATGGcc > 2:215167/1‑301 (MQ=255) cggacggcgtgcccaagacccgtacgggCAGCGGGCATTGCTGGAAATTCCGCAAGGGCCGGAAGTGATGGTCGAAGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTATGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGGGGTGATCGCCGCCTGGGAAGCCGGCGCAGGGCGGTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAAt < 1:107361/275‑1 (MQ=255) gacggtgatcgggaggggccgttgcgtgAAAGCCCGGCAGGGGCGGAAGTGGTGGTCGGAGGCCAGGG‑GGTGCTGGCCTTCTGCAGCAAGGACTACCTGGGGCTGGCCAACCACCCCGGGGTGGTCGCCGCCTGGAAGGCCGGCGCCGGGCGCTGGGGGGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACcg < 2:309355/274‑1 (MQ=255) aGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGCCCCCGC‑CCTGGTAGGTGG‑CC‑CAAGCACCCCGCCCCCTCCGGTTGAAGGGGGCCCT‑GCTGGAACTCC‑CCGCCCCCCCCCG‑C‑CCCCGTTGTTCCCCACCGGCTATTAGGGCACACTGGGCGCCATCACCGCCCTGGTgggggcg > 1:745898/1‑298 (MQ=255) gggcggttGCGGGAAAGCGCGCAAGGGCCGGAAGGGGTGGTGGGCGGCCAGCG‑GTTGCGCGCCGTCTGCAGCCATGACTACCTGGGGCTGGCCAACCACCCCGGGGTGGCCGCGGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGG‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAgg < 2:678139/295‑1 (MQ=255) ccATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGATGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCCCCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCCCTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAGTCTGGGCGCCATCACCGCCCTGGTGGGGCATGGCg > 1:315104/1‑301 (MQ=255) agccggaatgggCCGGAAGTGGTGGTCGGCGGCAAGGG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACGACCTGGGCCTGGCCAACCCCCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGGGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGc < 1:642632/292‑1 (MQ=255) aGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGTAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACGGcc > 2:876455/1‑301 (MQ=255) gggCCGGAAGGGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGcc < 1:177106/301‑1 (MQ=255) gAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACCCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGCCAGGGCTACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAAccc > 2:27238/1‑300 (MQ=255) gtgggCGACGGGCAGCG‑GTTGGCGGCCTTCTGCAGCAAAGACTAGCAGGGACTGGGCAACGACCCCGAGGTGGACGCCGCCGGGCAGGCCGGCGCCGGGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACGCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCt < 1:113956/301‑1 (MQ=255) aCGGCAAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTg < 1:27244/301‑1 (MQ=255) gggcAGCG‑GTTGCTGGCCGTATGGAACCATGACTACCGGGGCCCGGCCAACCACCCCGGGGGGATCGACGCCTGGCAGGCCGGCGGCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTgg < 1:867009/298‑1 (MQ=255) cccggtctGCTGGCCCTGTGCCGCAAGTACTACCTGGGCCTGGCCAACCGCCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCGGGCCGGCGCCGGGCGCTGGGGTTT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATg < 1:455123/294‑1 (MQ=255) g‑gTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCCGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCggg > 1:708972/1‑301 (MQ=255) tGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGAGGGAGGGTTg > 1:768471/1‑301 (MQ=255) gCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCCCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCC‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCCCCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACCCGGTATTGCAAGACCGACTCAACCATGCCC‑CGtgactggacgggagcggg > 2:454969/1‑284 (MQ=255) gCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GGGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAg < 1:438324/301‑1 (MQ=255) cTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGGGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGGGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAgtggt < 1:591707/301‑1 (MQ=255) gcaATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCCCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCAAATCTGGGCCCCATCCCCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGCCACGGTATTGCAGGACCGCCTCAACCAT‑CCTCCGTTACTGGATGGCGGGTTGC‑CAgtgggtccccg > 2:271286/1‑294 (MQ=255) tACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCC‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCC‑CGTGGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAAcc > 1:560342/1‑301 (MQ=255) ccTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCCGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCCGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATTCCT‑CGTTGCTGGATGGCTGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAAcccc > 2:55773/1‑299 (MQ=255) ccTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCCATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATGGCAAGACCCCCTCACCCATGCCC‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGc > 1:41775/1‑301 (MQ=255) ccAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATCTGCCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGAGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTAACCCATGCCT‑CGTTGCTGGATTGCCGGTTGCTCAGTGGTGcccccgtccaccgttccttgcccaac > 2:581335/1‑278 (MQ=255) aaCCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTTTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCTGGTTGCTCATGGGTTCCCGCTTCAACCGCCACCtcaccaccc > 2:575982/1‑293 (MQ=255) tcgcggcatggcaggcggcggccgggggcTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGc < 1:248887/274‑1 (MQ=255) ccgcgccTGGCAGGCCGGGGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGGACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCTCTGTTGTGCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACCACGACCCGGCCAGCCTGGcc < 2:760937/298‑1 (MQ=255) gccTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAgcc < 1:653253/301‑1 (MQ=255) cGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAGCCGCCTGGACAAg < 1:293509/301‑1 (MQ=255) gtgt‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCTCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAGCCGCCTGGACAAGGCGGTCGGCAATAcccc > 1:668581/1‑300 (MQ=255) ggt‑gGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCAGCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGGCGTCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAGCCGCCTGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCtg < 1:779363/300‑1 (MQ=255) | AGCACGCCGACGAAGTGCACCAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACATGGCTTT‑CGACCTGGCAGCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAGACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCG‑GTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGT‑GGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGG‑CC‑ACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAA‑GAGGCACTGGCT‑GAACTCA‑CCGGCCGCCCGCG‑CGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCT‑CGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTGCCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAGCCGCCTGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTG > AE015451/441027‑441623 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |