| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | AE015451 | 1,327,121 | 0 | C | T | 42.6% | 62.4 / 134.3 | 109 | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE/PP_23SE | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/40); new base T (25/21); total (48/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGC > AE015451/1326828‑1327381 | aGTAATCGCGAATCAGAATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAAt < 2:150621/301‑1 (MQ=14) tAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGt > 1:539096/1‑301 (MQ=31) tAATCGCGAAGCAGAATGTTGCGGAGAATACGTTCCCCGGGCATGTAAAAAACGACCGTAACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGGAGCTAGTCTAACCTTCGGAGGGACGGTTACCACGGAGTGATTCATGAGTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCATACGAATTGCTTGAGTCATTGCCGAAGATGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGGGCATTGGCATCGAATGt < 2:472300/301‑1 (MQ=11) cgAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCCGGATCACCTCCTTAATCGACGACCTCAGCCTGCTGATGATCTCCAACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGGAGACGTTTTTTCTGGTCAGAACCTGGAAATGAACATTTGCATCGAATGTTGGttt > 1:372518/1‑301 (MQ=11) 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cGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTATCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTa > 1:371225/1‑301 (MQ=11) gAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAg > 1:434290/1‑301 (MQ=11) gAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTT‑GGGTTATATGGTCAAGTGAAGATGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGc > 2:65683/1‑301 (MQ=11) | AGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGC > AE015451/1326828‑1327381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |