| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 2,550,125 | 0 | G | A | 66.2% | 22.7 / 60.4 | 72 | noncoding (1436/1522 nt) | PP_16SF | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/7); new base A (27/20); total (45/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGA‑CGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGC > AE015451/2549986‑2550422 | cAACTCGACTGCGTGTAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGA‑CGATGCTGTAAcgcg > 1:811973/1‑301 (MQ=11) aCTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCAACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAATA‑CGATGCTGTAACCCGAc > 2:301770/1‑301 (MQ=2) cTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGA‑CGATGCTGTAACGCGAcc > 1:168942/1‑301 (MQ=14) gTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTGACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGCAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCAACTCCTTAATCGACGACATCAGCTTGCTGATGAGCTCCCACCCGAATTGCTTGATTCATTCTAAAGGA‑CGATGCTGTAACTCGACCCTGTTATAg > 2:821523/1‑301 (MQ=11) gTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGCGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACCTCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACCCGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGA‑CGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAg > 2:872360/1‑301 (MQ=14) gAAGTCGGCATCGCGAGTAATGGCGAATCAGAATGTCGCGGTGTATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCTGTCTGACCATGGGAGTGGGTTGCAGGAGGAGTAGCTAGTCTAAGCTTCGGGGCGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTGGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGAGCAGCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGGTGAGCGCCCACACGACTTGCTTGATTCATTGTAAAAGA‑CCATCCTGTAACGCGACCATGTtataagg > 2:412171/1‑298 (MQ=11) gaatcggtatgtgtgaggAATCAGAAGGTCGCGGTGAACACGTTCCCGGGCCTTGGACACACCGCCCGTCAGACCATGGGAGTTGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTTGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGA‑CGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGc < 2:14119/284‑1 (MQ=11) 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CAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGGGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTAAAAGA‑CGATGCTGTAACGCGACCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGC > AE015451/2549986‑2550422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |