| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 2,935,792 | G→A | intergenic (+87/‑175) | PP_2568 → / → PP_2569 | Ring‑cleaving dioxygenase/Metabolite MFS transporter, MHS family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 2,935,792 | 0 | G | A | 98.2% | 180.2 / NA | 56 | intergenic (+87/‑175) | PP_2568/PP_2569 | Ring‑cleaving dioxygenase/Metabolite MFS transporter, MHS family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (29/25); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GGAAGGGCGCAACCTGCACCATTTCTGCCTGCGC‑ATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGGCCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGACAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAGGAGGAGCGCAAGGTCATCTTCGCCTCGTCCCTGGGCACGGTATTCGAGTGGTACGACTTCTACC > AE015451/2935501‑2936087 | ggAAGGGCGCAACCTGCACCATTTCTGCCTGCGC‑ATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCggg > 1:116722/1‑301 (MQ=255) aGGGGGCAACCGTCACCCTTTCTGCC‑GGGCAATCGAGCCGGTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTgg < 1:340067/301‑1 (MQ=255) cAACCTGCACCATTTCTGCCTGCGC‑ATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGTGGAGGGGCTGTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGTTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCCGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGGTCAGGACCCGGCGCGTGGatctgc > 1:169586/1‑297 (MQ=255) aaCCTGCACCATTTCTGCCTGCGC‑ATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCACAATCGTCAGCCAACCCGTTATCGCCCGCCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCCGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGCAGGGTGGATATCCa > 2:505678/1‑301 (MQ=255) gCACCATTTCTGCCTGCGC‑ATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCaa < 1:687563/301‑1 (MQ=255) gCACCATTTCTGCCTGCGC‑ATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCaa < 1:540515/301‑1 (MQ=255) cACCATTTCGGCCTGGGC‑ATCGAGCCGTTCGACGGGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAAt < 2:321618/301‑1 (MQ=255) 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tACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGACATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCCATCCGAGGCGGCCCGCCTCCTCGTGCTTCGTTCAACCAAAGCAAGAGCCCGGGCCTGGGTGCTACGGTGAAGTTGGTGTGACGCGCTCCGGCCTGTCTGacaa > 2:822710/1‑301 (MQ=255) gACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTGGGTGCGCCGGAGAAGTGGGTGTGAGGTGCCCCGGCCTGTTTGGCAACAt > 1:719957/1‑301 (MQ=255) gTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCATGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCa > 1:590992/1‑301 (MQ=255) 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ggCCAACCCGCTCTCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCGCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGGACCTTGCTGTGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGACAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAggagga < 2:57257/300‑1 (MQ=255) cAACCCGCCATCGCCCGGCGCCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACACGGCGGGTGGATATACAGCCAATCCCGATTATGCTGCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGACAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAGGAGGAgcg < 1:670423/301‑1 (MQ=255) gcGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGACAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAGGAGGAGCGCAAGGTCATCTTCGCCTCGTCCCTGGGCAc < 1:505845/301‑1 (MQ=255) 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gtcCAGCCCGCCCTGTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCACCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGACAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAGGAGGAGCGCAAGGTCATCTTCGCCTCGTCCCTGGGCACGGTATTc < 2:331082/301‑1 (MQ=255) gccCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTTGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGCCAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAGGAGCAGCGCAAGGTCATCTTCGCCTCTCCCCTGGTCAAGGTATTctgttggtac > 2:503801/1‑292 (MQ=255) gccCTCTCGTGCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCACAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGACAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAGGAGGAGCGCAAGGTCATCTTCGCCTCGTCCCTGGGCACGGTATTCGAGTGGTAc < 1:633898/301‑1 (MQ=255) 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gCAGGACCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGAATATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCTCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAACCGCCAGGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGACAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAGGAGGAGCGCAAGGTCATCTTCGCCTCGTCCTTGGGCACGGTATTCGACGGGTACGACTTCTAcc > 1:207255/1‑301 (MQ=255) | GGAAGGGCGCAACCTGCACCATTTCTGCCTGCGC‑ATCGAGCCGTTCGACGAGGCCGCGTTGACGGCCTATCTGGAAGCCGCCGGGGTAAAGGTGGAGCCTGCCGAGAAGCGTTATGGTGCCGAAGGGGAGGGGCTTTCGCTGTACTGCTACGACCCGGATGGTAATCAGGTCGAGTTGAAGGGGCCGGTAGTGCCTGGCGGGTGAAACCGCCCCCGCCAAAATCGTCAGCCAACCCGCTATCGCCCGGCACCCCGGTGCTGCGTGTCGTCCAGGCCGCCCTCTCGTGCAGGGCCCGGCGGGTGGATATCCAGCCAATCCCGATTATGCTTCATGAACCTTGCTGCGATCCGAGGCGGCCCGCCTCGTCGTGCTTCGCGCAACCAAAGCAAGCGCCAGGGCCTGGGTGCGACGGTGAAGTGGTTGTGAGGTGCTCCGGCCTGTATGACAACATGACGGAGGCAACCCATGGCGGTTCTCGACAGCACATCCACGGGCAGCGCGCCCCAACGCGGTATCACCAAGGAGGAGCGCAAGGTCATCTTCGCCTCGTCCCTGGGCACGGTATTCGAGTGGTACGACTTCTACC > AE015451/2935501‑2936087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |