| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 2,958,523 | C→T | A428V (GCA→GTA) | PP_2589 → | Aldehyde dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 2,958,523 | 0 | C | T | 94.9% | 129.3 / NA | 39 | A428V (GCA→GTA) | PP_2589 | Aldehyde dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (11/26); minor base G (2/0); total (13/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTAACCCGCTGGATCCGGCGAGCCGCGCCGGGGCCATTGTCGATGCCGGGCAGACCGGCCGCATCGAGGCCGCCATTGTGCGTGCCGGGCAAGAGGGCGCGCGATTGGTGTGTGGCGGCCGACGCCTGACCATCGAAGGTTCGGACAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGAC > AE015451/2958228‑2958818 | ggTAACCCGCTGGATCCGGCGAGCCGCGCCGGGGCCATTGTCGATGCCGGGCAGACCGGCCGCATCGAGGCCGCCATTGTGCGTGCCGGGCAAGAGGGCGCGCGATTGGTGTGTGGCGGCCGACGCCTGACCATCGAAGGTTCGGACAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCt < 1:583416/301‑1 (MQ=255) ggagccGGCGAGCCGCGCCGGGGCCATTGTCGATGCCGGGCAGACCGGCCGCATCGAGGCCGCCATTGTGCGTGCCGGGCAAGAGGGCGCGCGATTGGTGTGTGGCGGCCGACGCCTGACCATCGAAGGTTCGGACAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGc < 1:101017/297‑1 (MQ=255) ggATCCGGCGAGCCGCGCCGGGGCCATTGTCGATGCCGGGCAGACCGGCCGCATCGAGGCCGCCATTGTGCGTGCCGGGCAAGAGGGCGCGCGATTGGTGTGTGGCGGCCGACGCCTGACCATCGAAGGTTCGGACAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGc < 1:31552/301‑1 (MQ=255) ggCCGAGCCGGGGCCATTGTCGATGCCGGGAAGACGGGCCGCAGCGAGGCCGCCATGGGGCGTGCCGGGCAAGAGGGCGCGCGATTGGTGTGTGGCGGCCGACGCCTGACCATCGAAGGTTCGGACAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCa < 1:222172/300‑1 (MQ=255) 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ttGGCCTGGTAGCGTCGGTGTTGACGGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCt < 2:162287/300‑1 (MQ=255) ccTGGTAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGCTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGGTCCCACAGGTTCAGGCCAAGTCTGCCGGTtgttggtgac > 1:152865/1‑294 (MQ=255) | GGTAACCCGCTGGATCCGGCGAGCCGCGCCGGGGCCATTGTCGATGCCGGGCAGACCGGCCGCATCGAGGCCGCCATTGTGCGTGCCGGGCAAGAGGGCGCGCGATTGGTGTGTGGCGGCCGACGCCTGACCATCGAAGGTTCGGACAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGAC > AE015451/2958228‑2958818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |