| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 278,744 | +A | intergenic (‑239/+75) | PP_0224 ← / ← sctC | Monooxygenase, DszC family/sulfur compound ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 278,742 | 1 | . | A | 91.7% | 114.3 / 0.3 | 36 | intergenic (‑237/+77) | PP_0224/sctC | Monooxygenase, DszC family/sulfur compound ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base A (17/16); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCAGCGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGGCGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTACAGAGGTGCCGGGCTCTTCGCGGG‑T‑A‑A‑CCCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCGCCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGATGGT > AE015451/278447‑279028 | ggcagcGGGGGCGGGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGGCGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTACAGAGGTGCCGGGCTCTTCGCGGG‑T‑a‑aacc < 2:376859/300‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |