| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 4,348,955 | 0 | G | A | 32.7% | 68.4 / 35.4 | 52 | intergenic (‑320/+154) | PP_3820/galU | Group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/23); new base A (9/8); total (21/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTAGCCTTCGGCGCCACCGCAGTCGAAACGCTTGCCCTTGAACTTATAGGCAATCACGCAGCCATCCTTCGCCTG > AE015451/4348656‑4349240 | gtgcggtgcaCCGCCACTTAGTACTGCTTCAACTGACGTCTGCACGCTCATCCCCTTGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACCGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGACTCCGGCTAGc < 2:1257/292‑1 (MQ=11) tAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTccc > 1:438445/1‑301 (MQ=14) ctgCCACTTACGACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCACATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGTGCTCCCTGGCTAATTCGCTCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCGAGTATGGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCGCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCtt < 2:271453/299‑1 (MQ=11) ccGCCACTTACTACGTCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCtt < 1:142556/301‑1 (MQ=14) gCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGCCTCACACTTACCCtttc > 2:506222/1‑299 (MQ=9) cACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCg > 1:718836/1‑301 (MQ=14) aCTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCgg > 1:641025/1‑301 (MQ=33) cTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCggg < 1:682963/301‑1 (MQ=14) ttACTACGGCGTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGgt < 2:548237/301‑1 (MQ=14) tactacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGTCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCCGgtg > 1:579932/1‑301 (MQ=18) 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aCGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTc > 1:665188/1‑301 (MQ=33) gtCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCAc > 1:45873/2‑301 (MQ=14) ccGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTg < 1:131025/301‑1 (MQ=14) cGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCCCTTgt > 1:303110/1‑300 (MQ=18) ggcgaggcgcgGTAGCGCAGGGGCAAGAGGGCAGATCTCCCAAGGGAATTCCCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGAATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAGCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACcaca < 2:207132/295‑1 (MQ=11) ggACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAACACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAAc < 2:640991/300‑1 (MQ=14) 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ccgccTCTATCCGCGTCCTGTGCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCTGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTc < 1:96223/301‑1 (MQ=255) ctttCCGCTTCCTGTTCGGCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACACGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTa < 1:205106/298‑1 (MQ=255) ggtCCGCTTACTGTGCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTAg < 2:664905/299‑1 (MQ=255) tttCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTAGCCTTCGGCGCCa < 1:262370/300‑1 (MQ=255) tttCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTGGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTAGCCTTCGGCGCCa < 2:579682/300‑1 (MQ=255) gTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTGATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGGAGGTGGTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTAGCATTCGGCGccc > 2:465982/1‑300 (MQ=255) gggCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTAGCCTTCGGCGCCACCGCAGTCGAAAAGCTTGCCCTTGa > 1:295916/1‑301 (MQ=255) cccTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCACCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTAGCCTTCGGCGCCACCGCAGTCGAAACGCTTGCCCTTGAACTTATAGGCAATCACGCAGCCATCCTTCGCct < 1:112893/301‑1 (MQ=255) ccTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTAGCCTTCGGCGCCACCGCAGTCGAAACGCTTGCCCTTGAACTTATAGGCAATCACGCAGCCATCCTTCGCctg > 1:210907/1‑301 (MQ=255) | GCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCGCGACACCCTTGCCTCCGGCTAGCACTTCCCCTTGCCGGGTGTGTAGAGGACTTTCACCTCCAAGTCACCCACTTGGCCACCACAACCAAGCGGGTTGCGCTTACGCGCAACGCGCCATGCCTGGCGCAC‑ACAAAAAAGCCACCCCGAAGGATGGCTTTGAGGCCAGCAGGGCTTATCAGTAAGCCTTGCCAGTCTTGTAGTAGTTCTCGAAGCAGAAGTTGGTCGCGTCGATGTAGCCTTCGGCGCCACCGCAGTCGAAACGCTTGCCCTTGAACTTATAGGCAATCACGCAGCCATCCTTCGCCTG > AE015451/4348656‑4349240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |