| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 441,326 | 0 | G | . | 25.0% | 136.6 / 47.4 | 57 | coding (207/1173 nt) | bioF | 8‑amino‑7‑oxononanoate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/22); new base . (6/8); total (26/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGCACGCCGACGAAGTGCACCAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAGCCGCCTGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTG > AE015451/441027‑441626 | agCACGCCGACGAAGTGCACCAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTg‑g > 1:690609/1‑301 (MQ=255) aaGTGCACCAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGTGGTg‑ggggggggcccc > 2:126164/1‑297 (MQ=255) cAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCTCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGG‑GT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTgg > 2:309592/1‑301 (MQ=255) aGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTTGGCCTGGCCAACCACCCCGCGGTGATCGCCGCCTGGCCGGCCCGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGTTAGt > 2:352247/1‑301 (MQ=255) aGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGtt > 1:377677/1‑301 (MQ=255) cATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCCTTTCGGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGGTGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGGTGGCCTTCTGCC‑GCCATTACCACCTGGGCCGTGCCAAACACCCCGCTGTGCTCGCCGCCTGGTAGGCCGGCGCTCAGCGCGTGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGACTCGcgcgtgtgtgggtg > 2:13099/1‑288 (MQ=255) aTCGAGCAAGCGCGGGGCGAGCAGCGCATGAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCGTTAGACCTGGCA‑GCGCGCCGGGCCGGACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGc < 2:311121/301‑1 (MQ=255) ggagcgcagcAGCGGGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGGGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCa < 1:719616/299‑1 (MQ=255) agcgcagcAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCACCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGCGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCCCCTGGTAGATGGcctaggtcccccgcccgacacgg > 2:161868/1‑280 (MQ=255) cagcGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGGGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCGGGTGGTTGGCcaacggcccccgccccaaccggttgaagg > 2:6783/1‑274 (MQ=255) ttgtcgtccacgcccgcGACGTCCTGACAT‑GGTTTCCGCCCTGCCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCG‑AGAACCGTTATCGGCAGCGGCCATTGCGGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAGGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTg < 1:283186/288‑1 (MQ=255) tCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGa < 1:132853/301‑1 (MQ=255) ggcgcggcgccgcGACGGCCTGACCT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGGAGCGGCCATTGCGGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGGGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGC‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTg < 1:4342/294‑1 (MQ=255) cgacgCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑‑GGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTcc > 1:650499/1‑300 (MQ=255) cgccgcGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GTGGGGGGGGCCTCGCACCTTGAAGTTGGCAACAGCACCCCGCACCTTCAGTTTCATGAGCCACTggtggacctccc > 2:375838/1‑291 (MQ=255) ggcgcgACAGCCTGACATGGGCTTGCG‑GCTGGGAGGGGCG‑CTGGCCGGACGGGGGGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGGGGCCATTGCGGGAAAGCCCGCAAGGGCGGGAAGGGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCAcc < 2:248436/299‑1 (MQ=255) aT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGGCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGccc > 1:381499/1‑301 (MQ=255) ggCTTTCGACCTGGCA‑GCGGGCCTGGCCGAACGGCGGGCGGCCG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑‑GGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCtgtt < 2:650227/301‑1 (MQ=255) cGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCCCCCCGCCCCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCCCGCGCCCTGTTGTtc > 2:193329/1‑301 (MQ=255) gACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCCGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGCAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCACCCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCCCCGCGCGCTCGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCCCACCTGTTAGTTGGCCCCAGCCCCCCCCACCATCCGGTTGATGAGCCACGGGCTGAACCCACCGGCCGCCCGCCCGCCCTGTTGTtcc > 2:582051/1‑300 (MQ=255) cacgcggcCTGGCAGAACGGGGCCCCCCAG‑ACCTGGATCGGCAGGGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGGGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCgg < 1:323029/295‑1 (MQ=255) ccgggCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATg < 1:6783/298‑1 (MQ=255) ccTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCCGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTatattg > 1:338543/1‑299 (MQ=255) ggCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCCCCCTCAGGTTGAAGAGGCCCTGGCTGAACTCCCCGCCCGCCCGCGCCCCCTTTTGTTCCCCACCGGCtgttgggccaatgcggg > 2:389085/1‑285 (MQ=255) ggCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCGGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAAACTggg > 1:638184/1‑301 (MQ=255) cccagccctgtgtgggccgCGGCCATTGCTGGGAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCa < 2:167100/283‑1 (MQ=255) cAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCCGGTTGAAGAGGCACTGGCTGCACTCCCCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTTTTCCCCCCCGCCGTTATGGCCAAttcggcccacaccccc > 2:571583/1‑286 (MQ=255) aggcccgaagcgccagcagacatggatGGACAGCCCGCAATGGCCGGAACTGGTGCTGGACGGCAAGCGGATGCTGTCCTTATCCC‑GCAATTCCTACCTGCGCCTAGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACcg < 2:480913/275‑1 (MQ=255) ggTATCGGCAGCGGCCATTGCGGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCtg < 1:174394/300‑1 (MQ=255) ggCAGCGGTCATTGCGCGAAAGCCCGCAAGGGGCGGAAGTGGTGGGAGACGGCCAGCGGTGGCTGGCCTTTTGCA‑GCAATGACCACCTGGGCCTGGCCAACCCCCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTggg < 1:126221/301‑1 (MQ=255) cAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGc > 1:701841/1‑301 (MQ=255) aTTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCCCCCTGTTGTTCGCCACCGGCTATATGGCCAACCTGGGCGCCATCACCGCCCCGGTGGGG‑AGGGccgac > 2:496320/1‑297 (MQ=255) gcgtgAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGGGGTGGTCGACGGCCATCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTGTGGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGacac < 1:730283/297‑1 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(MQ=255) ccttctcga‑gcaCTGACTCCCCGGGCCCGGCCAACCACACCGAGGTGATCGCCGCCTGGCCGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GGT‑GGGGGGCGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCCCCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAg < 2:381351/293‑1 (MQ=255) ttCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCGTCGTTGCTGGCTGGCGGGTTGCTCAgtg > 2:518474/1‑301 (MQ=255) gaggaatgcgtACCTGGGCCGGGACAAACACCCCGGGGGGATCGACGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑cc < 2:701542/291‑1 (MQ=255) ccaATGACTCCCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGCGGGGAGCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCg < 2:637912/300‑1 (MQ=255) ccTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GT‑‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAAc < 1:589904/300‑1 (MQ=255) aCTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCGGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCTGGTTGCCCAGT‑GTGTCCCGCTTCaa > 2:189661/1‑301 (MQ=255) cgcacggcctaccggtctcccccGAGGGGCTCGCCGCCGGGCAGGCGGGCGCCGGGGGCGGGGGG‑GGG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCg < 2:640822/282‑1 (MQ=255) gggCCTGGCCAACCACCCCGGGGGGAGCGGCGGCTGGGCGGCCGGCGCCGGGCGCGGGGGT‑GGG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTAc < 1:496525/301‑1 (MQ=255) ggCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTAcc < 1:452622/301‑1 (MQ=255) cacaccccccGCGGGGATCGCCGCCTGGCAGGGCGGCGACGGGCGCTGGGGG‑GGG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTGGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCGGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAAc < 1:18089/295‑1 (MQ=255) aaCCACCCCGGGGGGCTTGCCGCCTGGCAGGCCGGGGCCGGGGGCTGGGGT‑GGG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACg < 1:389243/301‑1 (MQ=255) caccCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTACCGGCACAACGAcc > 1:525056/1‑301 (MQ=255) ccccgggggggatggcggccgggccggccggggccggGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCGCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGAccc < 1:582301/276‑1 (MQ=255) accCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCgagatcggaagagcacacg > 1:641094/1‑283 (MQ=255) gcggccTGGCAGGCGGGAGCGGAGGGCTGGGGG‑GGG‑GGGGGGGGGGCCGCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGGGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCa < 2:483809/298‑1 (MQ=255) ccTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCCCCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTACCTGCCCAACGACCCGGCCCGccgtgccacccc > 2:727793/1‑291 (MQ=255) cTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGTTATTGCAAGACCGCCTCAACCATCCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCTGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAGCCGCCTGGCAAAGCCGTTCGGCAAt > 2:346083/1‑301 (MQ=255) g‑ggggggggggCCTGGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATAAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAGCCGCCTGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCtggtg < 2:690317/301‑1 (MQ=255) | AGCACGCCGACGAAGTGCACCAGGCAGCCATCGAGCAAGCGCTGGTCGAGCAGCGCAGCAGCGAGATGTTCTACGACGCCGCGACAGCCTGACAT‑GGCTTTCGACCTGGCA‑GCGCGCCTGGCCGAACGGCGCGCCGCAG‑ACCTGTATCGGCAGCGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCA‑GCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCGAGCGCTGGGGT‑GTG‑GGGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCGCTGGTGGGGCAGGGCGACACGGTATTGCAAGACCGCCTCAACCATGCCTCGTTGCTGGATGGCGGGTTGCTCAGTGGTG‑CCCGCTTCAACCGCTACCTGCACAACGACCCGGCCAGCCTGGCCAGCCGCCTGGACAAGGCGGTCGGCAATACCCTGGTG > AE015451/441027‑441626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |