| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AE015451 | 4,025,384 | T→C | E105E (GAA→GAG) | emrA ← | multidrug efflux transport system ‑ membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | AE015451 | 4,025,384 | 0 | T | C | 98.2% | 191.5 / NA | 56 | E105E (GAA→GAG) | emrA | multidrug efflux transport system ‑ membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (26/29); minor base A (1/0); total (27/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGCTGCAGCCATGACATCGGGGTGCGAGGACACCACGGTGTCGTCGACCAGCGCGCTGCTGGTGCTGAGCTGTTGCCGCGCGCTGTTGACGGCAGCCTGGGCAACGCTCAGGTCGTCACGGGCGTGGGACAGTTCTTCTGCGGCAATCGCACCGCTGTCAGCCAGCACCTTGCGCCGGTTGAAGTCCTGTTGCGCCTTGCGCAGTTCGGCTTGGCGCGTTTCCAGTTGAGCCTTCAGCGAGTCGACGTTGCTGTAAAGCCCGCGCACC‑TGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCTTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGCCAAGCCTTGCGCTTGCGCGACG‑GCTCAGGCGCGACGGAGGGAGTCG > AE015451/4025090‑4025676 | aGCTGCAGCCATGACATCGGGGTGCGAGGACACCACGGTGTCGTCGACCAGCGCGCTGCTGGTGCTGAGCTGTTGCCGCGCGCTGTTGACGGCAGCCTGGGCAACGCTCAGGTCGTCACGGGCGTGGGACAGTTCTTCTGCGGCAATCGCACCGCTGTCAGCCAGCACCTTGCGCCGGTTGAAGTCCTGTTGCGCCTTGCGCAGTTCGGCTTGGCGCGTTTCCAGTTGAGCCTTCAGCGAGTCGACGTTGCTGTAAAGCCCGCGCACC‑TGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCCTcggcg < 1:58181/301‑1 (MQ=255) cATGACATCGGGGTGCGAGGACACCACGGTGTCGTCGACCAGCGCGCGGCTGGTGCTGAGCTGTTGCCGCGCGCTGTTGACGGCAGCCTGGGCAACGCTCAGGTCGTCACGGGCGTGGGACAGTTCTTCTGCGGCAATCGCACCGCTGTCAGCCAGCACCTTGCGCCGGTTGAAGTCCTGTTGCGCCTTGCGCAGTTCGGCTTGGCGCGTTTCCAGTTGAGCCTTCAGCGAGTCGACGTTGCTGTAAAGCCCGCGCACC‑TGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAg < 2:42124/301‑1 (MQ=255) tGACATCGGGGTGCGAGGACACCACGGTGTCGTCGACCAGCGCGCTGCTGGTGCTGAGCTGTTGCCGCGCGCTGTTGACGGCAGCCTGGGCAACGCTCAGGTCGTCACGGGCGTGGGACAGTTCTTCTGCGGCAATCGCACCGCTGTCAGCCAGCACCTTGCGCCGGTTGAAGTCCTGTTTCCCCTTGCGCAGTTCGGCTTGGCGCGGTCCCGGTTGAGCCTTCAGGCAGTCGACGTTGCGGTAAAGCCCGCTCCCC‑TGCCGCCCGCTGCGTGCCGGATTGGCCTCGGCGCACTGCAAgac > 2:566054/1‑299 (MQ=255) aGGACACCACGGTGTCGTCGACCAGCGCGCTGCTGGTGCTGAGCTGTTGCCGCGCGCTGTTGACGGCAGCCTGGGCAACGCTCCGGTCGTCACGGGCGTGGGACAGTTCTTCTGCGGCAATCGCACCGCTGTCAGCCAGCACCTTGCGCCGGTTGAAGTCCTGTTGCGCCTTGCGCAGTTCGGCTTGGCGCGTTTCCAGTTGAGCCTTCAGCGAGTCGACGTTGCTGTAAAGCCCGCGCACC‑TGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGc > 2:238947/1‑301 (MQ=255) 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ttGCTGTAAAGCCCGCGCACC‑TGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGCCAAGccc > 1:409241/1‑300 (MQ=255) ttcagacgtgtgctcttccgatctgCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGCCAAGCctt < 1:507857/277‑1 (MQ=255) tGTAAAGCCCGCGCACC‑TGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGCTCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGCCAAGCctcgcc > 2:357465/1‑297 (MQ=255) 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gCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGCCAAGCCTTGCGCTTGCGCGACG‑GCTCAgg < 1:14333/301‑1 (MQ=255) gCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAACCAAGccctagatcggaagagcgtcgtgtaggg > 2:507649/1‑275 (MQ=255) gCTGCGTGCCAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGCCAAGCCTTGCGCTTGCGCGACG‑GCTCAGGCGCGACg > 1:267375/1‑301 (MQ=255) gTGCCAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGCCAAGCCTTGCGCTTGCGCGACG‑GCTCAGGCGCGACggaggg > 1:167783/1‑301 (MQ=255) ccAGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGCCAAGCCTTGCGCTTGCGCGACG‑GCTCAGGCGCGACGGAGGGAGt > 1:159501/1‑301 (MQ=255) ccAGCTTGGCCCCGGCTGACTGTAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGCCATCGGCCCCGATGCCGGTAACGCTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGCTGCCGTTGCCGTCGCCATCGTCGGTGCCTTCGTGTCAACGCCCGACAATGCTGTACCCGGCCCAGGTGCCGACCCCGCCAAGGACCAGCAGCGACAGCCGACCAAGCAACAAAGCCTTGCGCTTGCCCGACGCGC‑CAGGCGCGGCgggggggtg > 2:677340/1‑298 (MQ=255) aGCTTGGCCTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAAGATAAGCAGCAACAGCAGACCAAGCAGCCAAGCCTTGCGCTTGCGCGCAG‑CCCCAGGCGCGACggagggcatcg > 2:268267/1‑296 (MQ=255) | AGCTGCAGCCATGACATCGGGGTGCGAGGACACCACGGTGTCGTCGACCAGCGCGCTGCTGGTGCTGAGCTGTTGCCGCGCGCTGTTGACGGCAGCCTGGGCAACGCTCAGGTCGTCACGGGCGTGGGACAGTTCTTCTGCGGCAATCGCACCGCTGTCAGCCAGCACCTTGCGCCGGTTGAAGTCCTGTTGCGCCTTGCGCAGTTCGGCTTGGCGCGTTTCCAGTTGAGCCTTCAGCGAGTCGACGTTGCTGTAAAGCCCGCGCACC‑TGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCTTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTG‑CAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGCCAAGCCTTGCGCTTGCGCGACG‑GCTCAGGCGCGACGGAGGGAGTCG > AE015451/4025090‑4025676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |