Predicted mutation | ||||||
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RA | AE015451 | 278,744 | +A | intergenic (‑239/+75) | PP_0224 ← / ← sctC | Monooxygenase, DszC family/sulfur compound ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 278,742 | 1 | . | A | 97.1% | 586.1 / 7.5 | 171 | intergenic (‑237/+77) | PP_0224/sctC | Monooxygenase, DszC family/sulfur compound ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base A (82/84); total (84/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CAGCGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGGCGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTACAGAGGTGCCGGGCTCTTCGCGGGT‑AA‑CCCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCGCCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGATGGT > AE015451/278449‑279028 | ggCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGGCGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTACAGAGGTGCCGGGCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTac < 1:521417/301‑1 (MQ=255) 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gagGTGCCGGGCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCGCCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGcc < 1:1926877/301‑1 (MQ=255) ccGGGCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCGCCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGag > 1:494466/1‑300 (MQ=255) gggCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCGCCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCaagatcggaagag > 1:102739/1‑289 (MQ=255) gggCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCGCCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGATgg < 2:494274/301‑1 (MQ=255) gggCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGACGCGTACGCTCCTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCCAAGAAAATTACCCGGTTCGCCACGTCCCGGGCACACCTCCTCCTGTTGGTGACGAAGATCATGATGCTCTTTTCCTCGTCCAGGCCCCGGATgg > 2:757664/1‑301 (MQ=255) ggCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACACATGCCTCAAGAGCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCGCCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGATGGt < 1:26757/301‑1 (MQ=255) | CAGCGGGGGCGAGCTGTCGAGATCGCTATGGAATTGGGTGTTGGCTTGGCTGGGCATCAGTGCCGCTCCTTGGCTGCACTCAATGCCCTGGCGTTACGCACTGGGGTGATTGTGATCCTGACCATTCCTGACCTCACAAAATAGTTATGTCGCTACAGCTGATCGCGACAGACGTGTGCTGGTCCGGTGGTCCGGTATATATACCCTAATGATTTATAAAATTTTTATGAACTAACTTTTTGGAATATTTATAGAAGGGGGATTTGTTACAGAGGTGCCGGGCTCTTCGCGGGT‑AA‑CCCGCTCCTACACACATGCCTCAAGATCTGTGCACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTTTACTCGGAGGCCGCAGTCCCGAGGAACTTGCGCAAGAACTGCCGCGTACGCTCTTCCTTCGGCGCTGCAAACAGGGCCTTGGCCTCGCCTTGCTCCACGATCACGCCTTTGTCGAAGAAAATCACCCGGTTCGCCACGTCCCGGGCAAAGCTCATCTCGTGGGTGACGATGATCATGGTGCGCTTTTCCTCGGCCAGGCCGCGGATGGT > AE015451/278449‑279028 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |