| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
CCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCAAACAGACTGTGATCC > AE015451/699422‑699956 | cccTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGa > 2:1236891/1‑301 (MQ=33) ccTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAc < 1:1980852/301‑1 (MQ=33) ccTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGAc < 2:1273377/301‑1 (MQ=33) tGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTg > 1:1120032/1‑301 (MQ=33) 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gAACTTAGAAATGAACACTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTggggg > 1:697480/1‑300 (MQ=17) aaCTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAg > 1:305155/1‑301 (MQ=32) ttAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTAAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGAATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCTTGCGATAAGTTTTGGGGAGtgg > 2:1472079/1‑299 (MQ=12) aaTGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCaaa > 1:2086971/1‑301 (MQ=17) aGCTCGAATGTTGAGTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCAAACAGACTGTGAt < 2:242367/301‑1 (MQ=11) cTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCAAACAGACTGTGATcc > 2:384391/1‑301 (MQ=11) | CCCTGTTATAGGTCTGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGCAGTTCAAATCTGCCCAGACCTACCATTACATGGTTCAGCCGTAGAATACGGGGCCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCCTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCGGCGAATGTCGTCTTCACAGTATAACCAGATTGCTTGGGGTTATATGGTCAAGTGAAGAAGCGCATACGGTGGATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGATGAAAGACGTGGTAGCCTGCGATAAGCTTTGGGGAGTCGGCAAACAGACTGTGATCC > AE015451/699422‑699956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |