Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | AE015451 | 2,958,523 | C→T | A428V (GCA→GTA) | PP_2589 → | Aldehyde dehydrogenase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 2,958,523 | 0 | C | T | 99.1% | 406.2 / NA | 114 | A428V (GCA→GTA) | PP_2589 | Aldehyde dehydrogenase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (51/62); minor base G (1/0); total (52/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CCGGTAACCCGCTGGATCCGGCGAGCCGCGCCGGGGCCATTGT‑CGATGCCGGGCAGACCGGCCGCATCGAGGCCGCCATTGTGCGTGCCGGGCA‑AGAGGGCGCGCGATTGGTGTGTGGCGGCCGACGCCTGACCATCGAAGGTTCGGACAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACC > AE015451/2958226‑2958819 | ccccGCTGGGTCCGGCGGGCCGCGCCGGGGCCATTGT‑CGATGCCGGGCAGACCGGCCGCATCGAGGCCGCCATTGTGCGTGCCGGGCA‑AGAGGGCGCGCGATTGGTGTGTGGCGGCCGACGCCTGACCATCGAAGGTTCGGACAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGTAGCCTCGgt < 2:1568996/300‑1 (MQ=255) 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CCGGTAACCCGCTGGATCCGGCGAGCCGCGCCGGGGCCATTGT‑CGATGCCGGGCAGACCGGCCGCATCGAGGCCGCCATTGTGCGTGCCGGGCA‑AGAGGGCGCGCGATTGGTGTGTGGCGGCCGACGCCTGACCATCGAAGGTTCGGACAACTACATCGAGCCGACCATTTTTGCCGGTGTCGAGGGCCGCATGAGCCTGGCGCGCGAGGAGGTGTTCGGCCCGGTACTGGCGGTCAGCGCCTTCGACACGGAAGAAGAAGCCGTGCGCCTGGCCAACGACAGCATCTATGGCCTGGCAGCCTCGGTGTGGAGCGACGACTTCAACCAGGTGCACCGGGTAGCGCGGGCGTTGAAAGCCGGTACCGTATCGGTGAACACAGTCGATGCGCTGGATGTGACGGTGCCGTTCGGTGGGGGCAAGCAGTCGGGGTTTGGCCGCGATCTGTCACTGCATTCGTTCGACAAGTATTCGCAACTCAAGACCACCTGGTACCAGTTGCGCGGCTGATGTATTGATCATTGACCGCGTCGTCTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTTCAGCACAAGTCTGAGGGTTGTGCTGGACC > AE015451/2958226‑2958819 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |