| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 353,067 | A→G | intergenic (+34/+84) | hisF → / ← cbcV | Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF/choline / betaine / carnitine ABC transporter ‑ ATP binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 353,067 | 0 | A | G | 99.0% | 334.0 / NA | 95 | intergenic (+34/+84) | hisF/cbcV | Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF/choline / betaine / carnitine ABC transporter ‑ ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (49/45); minor base T (1/0); total (50/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGGCGAGATCCTGCTGACCAGCATGGACCAGGACGGCATGAAGAACGGCTTCGACCTGGGCGTTACCCGGGCTATCAGTGATGCGCTGGGGATTCCGGTGATTGCCTCGGGGGGGGTGGGTAACCTGCAGCACCTGGCAGACGGCATTCTGGAAGGGCATGCCAGCGCGGTGCTGGCGGCCAGCATCTTCCACTTTGGCGAGTACACAGTGCCGGAGGCCAAGGCCTACATGGCTTCGCGCGGGATCGTCGTTCGCTGATCCATTGACCGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCAGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTTGCTGAGATCTCTGTGG‑GAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCGAAGCGG‑CCCCAATTGCTTCAACCGTGGTTCTTGCCGAGCAGCGCGTGGTAAAGCTCGGTATCCCCGAGTATCCCCACCACC‑CTGTCGTTATCCTGCAGCACCAGCTTGTTGCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCC > AE015451/352773‑353358 | gcTGGCGAGATCCTGCTGACCAGCATGGACCAGGACGGCATGAAGAACGGCTTCGACCTGGGCGTTACCCGGGCTATCAGTGATGCGCTGGGGATTCCGGTGATTGCCTCGGGGGGGGTGGGTAACCTGCAGCACCTGGCAGACGGCATTCTGGAAGGGCATGCCAGCGCGGTGCTGGCGGCCAGCATCTTCCACTTTGGCGAGTACACAGTGCCGGAGGCCAAGGCCTACATGGCTTCGCGCGGGATCGTCGTTCGCTGATCCATTGACCGGGTCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGcccc > 2:1336893/1‑298 (MQ=255) 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aCCGGGGATGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGACCGCCCGCTCCCACAGGTTTGCTGAGATCTCAGTGG‑GAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCGAAGCGG‑CCCCAATTGCTTCAACCGTGGTTCTTGCCGAGCAGCGCGTGGTAAAGCTCGGTATCCCCGAGTATCCCCACCACC‑CTGTCGTTATCCTGCAGCACCAGCTCGTTGCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCGCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTg < 2:1045796/301‑1 (MQ=255) gCAGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTTGCTGAGATCTCTGTGG‑GAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCGAAGCGG‑CCCCAATTGCTTCAACCGTGGTTCTTGCCGGCCAGCGCGTGGTAAAGCTCGGTATCCCCCAGTATCCCCACCACC‑CTGTCGTTATCCTGCAGCACCAGCTTGTTGCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCTCCCGCATGCCGATTTCGCCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAACTTCACACCTTGCCCCGGTGCCCCtttacgcctt > 1:112628/1‑294 (MQ=255) cAGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTTGCTGAGATCTCTGTGG‑GAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCGAAGCGG‑CCCCAATTGCTTCAACCGTGGTTCTTGCCGAGCAGCGCGTGGTAAAGCTCGGTATCCCCGAGTATCCCCACCACC‑CTGTCGTTATCCTGCAGCACCAGCTTGTTGCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCTCACGCATGCCCATGTCGGCGTGCACCTCGGTCGGCCTGCGCTCCCGCAGCTCCACATCTTGCCACTGTGCCCATGTCTGCATgg > 2:1578537/1‑300 (MQ=255) gCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTTGCTGAGATCTCTGTGG‑GAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCGAAGCGG‑CCCCAATTGCTTCAACCGTGGTTCTTGCCGAGCAGCGCGTGGTAAAGCTCGGTATCCCCGAGTATCCCCACCACC‑CTGTCGTTATCCTGCAGCACCAGCTTGTTGCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTcc < 1:605835/301‑1 (MQ=255) | GCTGGCGAGATCCTGCTGACCAGCATGGACCAGGACGGCATGAAGAACGGCTTCGACCTGGGCGTTACCCGGGCTATCAGTGATGCGCTGGGGATTCCGGTGATTGCCTCGGGGGGGGTGGGTAACCTGCAGCACCTGGCAGACGGCATTCTGGAAGGGCATGCCAGCGCGGTGCTGGCGGCCAGCATCTTCCACTTTGGCGAGTACACAGTGCCGGAGGCCAAGGCCTACATGGCTTCGCGCGGGATCGTCGTTCGCTGATCCATTGACCGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCAGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTTGCTGAGATCTCTGTGG‑GAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCGAAGCGG‑CCCCAATTGCTTCAACCGTGGTTCTTGCCGAGCAGCGCGTGGTAAAGCTCGGTATCCCCGAGTATCCCCACCACC‑CTGTCGTTATCCTGCAGCACCAGCTTGTTGCCGGTTTGATAACGAATCTGCAGTGCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCC > AE015451/352773‑353358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |