| Predicted mutation | ||||||
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| RA | AE015451 | 5,674,753 | G→C | intergenic (+115/+25) | rhlE‑II → / ← yceI | ATP‑dependent RNA helicase/polyisoprene‑binding protein, acidic stress response factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 5,674,753 | 0 | G | C | 98.2% | 382.5 / NA | 111 | intergenic (+115/+25) | rhlE‑II/yceI | ATP‑dependent RNA helicase/polyisoprene‑binding protein, acidic stress response factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (55/54); minor base T (2/0); total (57/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CGATGCTGCCCGGCAAGAGCCGGCCGTGCGCAACCCGCGTCAGCCGGAAAAACAGCCAGTGATCATTCGCAAGGAGTCCAAGCTGGACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGC‑TGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAG‑C‑G‑CGCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACTTGACGCTGGTGGAGACGAATTTGGC > AE015451/5674467‑5675041 | cGATGCTGCCCGGCAAGAGCCGGCCGTGCGCAACCCGCGTCAGCCGGAAAAACAGCCAGTGATCATTCGCAAGGAGTCCAAGCTGGACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGC‑TGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAG‑CGG‑CCCCCTCGGTTTTCa > 1:1932823/1‑301 (MQ=255) 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atctggCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAG‑CGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACtt < 1:1366154/297‑1 (MQ=255) ggCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAG‑CGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACttagat > 2:1365621/1‑297 (MQ=255) gtCGTGATAGGGCCGCAAAG‑CGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACTTGACGCtggtggg > 1:1139564/1‑300 (MQ=255) gtCGTGATAGGGCCGCAAAG‑CGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACTTGACGCTGGTGga < 2:259914/301‑1 (MQ=255) tGATAGGGCCGCAAAG‑CGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACTTGACGCTGGTGGAGACg > 1:999665/1‑301 (MQ=255) aTAGGGCCGCAAAG‑CGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACTTGACGCTGGTGGAGACGaa > 2:1910723/1‑301 (MQ=255) ggCCGCAAAG‑CGG‑CTCCCTCGGTTTTCATCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGCTGCCGAAGTCGTTCATGTTCATCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCTCGCGCGCTCGCCACCCCACGGGTCCTTGCCTTCTCCGTTCAACGTACCCTTCACCCTCACCGGCTTGTTGACACCTTGCCTTGTCAGGTCGCCAGTCACGTCGGCCGTCTTCTCGCCCGTATGCTTGACGCtggtgcatctgtagttt > 2:976341/1‑289 (MQ=255) gCCGCAAAG‑C‑GTCCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACTTGACGCTGGTGGAGACGAATTTgg < 2:1300496/301‑1 (MQ=255) ccGCAAAG‑CGG‑CCCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACTTGACGCTGGTGGAGACGAATTTggg > 1:33466/1‑300 (MQ=255) | CGATGCTGCCCGGCAAGAGCCGGCCGTGCGCAACCCGCGTCAGCCGGAAAAACAGCCAGTGATCATTCGCAAGGAGTCCAAGCTGGACCGTTTCCCGACGCCTGAGCAACTGGATGACCTGCCAAGCCGCCCACGCGGTGAGCGCCCAGCGCTGCTGACCCGCAAGGGCTGATAGAAGTACCGAGGGGGC‑TGCTTCGCAGCCCTATCACGACACAAGGCCGCTCCTGCAGAGAATTTCTTGATCTCTACAGGAGCGGCCTTGTGTCGTGATAGGGCCGCAAAG‑C‑G‑CGCCCTCGGTTTTCAGCTGGCAGAAATTACTTCTGCTTCACACCTTCGACACTGATATCCAGGTCCAGGGTCTGCGAAGTAGCACCCGGGCCTTTGATGCCGAAGTCGTTCAGGTTCAGCGTGGTGGTGGCGTTGAAGCCAGCGCGCTCGCCACCCCATGGGTCCTTGCCTTCACCGTTGAAGGTAGCCTTGAACGTCACCGGCTTGGTGACACCGTGCATGGTCAGGTCGCCAGTCACGTCAGCCGTCTTGTCGCCAGTAGACTTGACGCTGGTGGAGACGAATTTGGC > AE015451/5674467‑5675041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |