| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | AE015451 | 2,032,505 | 1680 bp→GCGGCCGC | [pgi‑I] | [pgi‑I] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | AE015451 | 2032505 | 2034184 | 1680 | 114 [0] | [0] 114 | [pgi‑I] | [pgi‑I] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | = 2032504 | 0 (0.000) | 112 (1.090) +GCGGCCGC |
100/584 | 0.0 | 100% | intergenic (‑260/‑16) | kdsA‑II/pgi‑I | 2‑dehydro‑3‑deoxyphosphooctonate aldolase/glucose‑6‑phosphate isomerase |
| ? | AE015451 | 2034185 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/+1440) | pgi‑I/PP_5477 | glucose‑6‑phosphate isomerase/conserved protein of unknown function | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CGAGTTGGAGCATTCGATTGTGGAGTTGATCTTGATCATTTTTTACTCGATAGGTCCTTAGGGGGCAACCCGCAGGACATGGCAAAGGGATAATAGTCAGCGCGCCCTTGCTAACCGTGGTTGTGCCGATTCTACAATTTTTCTGCTGCCTTTCGAGCATGGCGAGGCTGCCAGGCGTTTGTGAGCGGTATTTTGCGCGCATGAATGCGGCTTTTCCCTTTCTTGCGCATGGGCATTGCCTATAATGTCGCCGACGTGGAACCTGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCAAGGATCTTTTTGCAATGGCGTTCTACCGTACACCTCACGATGTCACTGCTCTGCCAGCCTGGAAGGCGCTTCAGCAACACCGCGAAGCCATGCGAGGCTTCAGCATGTCCGAAGCCTTTGCCGCCGATGCCAAGCGCTTCGACCAGTTTTCCCTTAGCGCTTGCGGCCTGTTCCTCGACTACTCAAAAAACCTGATCACCGAGCAAAGCCGCGATCTGCTGGTCAACCTGGCCAATGAAGTGGGCCTGCAGGACGCCATCAAGTCGATGTTCAGCGGTGAGATCATCAACGCCTCCGAA > AE015451/2032206‑2032804 | ggaGTTGGAGCATTCGATTGTGGAGTTGATCTTGATCATTTTTTACTCGATAGGTCCTTAGGGGGCAACCCGCAGGACATGGCAAAGGGATAATAGTCAGCGCGCCCTTGCTAACCGTGGTTGTGCCGATTCTACAATTTTTCTGCTGCCTTTCGAGCATGGCGAGGCTGCCAGGCGTTTGTGAGCGGTATTTTGCGCGCATGAATGCGGCTTTTCCCTTTCTTGCGCATGGGCATTGCCTATAATGTCGCCGACGTGGAACCTGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCgc < 2:613120‑M1/300‑3 (MQ=255) cATTCGATTGTGGAGTTGATCTTGATCATTTTTTACTCGATAGGTCCTTAGGGGGCAACCCGCAGGACATGGCAAAGGGATAATAGTCAGCGCGCCCTTGCTAACCGTGGTTGTGCCGATTCTACAATTTTTCTGCTGCCTTTCGAGCATGGCGAGGCTGCCAGGCGTTTGTGAGCGGTATTTTGCGCGCATGAATGCGGCTTTTCCCTTTCTTGCGCATGGGCATTGCCTATAATGTCGCAGACGTGGAACCTGACTACGATTGATAGGTTCTGGATTTACCCTTATCgcggccgccccc > 2:483804‑M1/1‑289 (MQ=255) tCGATTGTGGAGTTGATCTTGATCATTTTTTACTCGATAGGTCCTTAGGGGGCAACCCGCAGGACATGGCAAAGGGATAATAGTCAGCGCGCCCTTGCTAACCGTGGTTGTGCCGATTCTACAATTTTTCTGCTGCCTTTCGAGCATGGCGAGGCTGCCAGGCGTTTGTGAGCGGTATTTTGCGCGCATGAATGCGGCTTTTCCCTTTCTTGCGCATGGGCATTGCCTATAATGTAGCCGACGTGGAACCTGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCgcggccgcccctgct > 1:93939‑M1/1‑286 (MQ=255) cgtgtgctttccgatctttgatcattttttactcgataggTCCTTAGGGGGCAACCCGCAGGACATGGCAAAGGGATAATAGTCAGCGCGCCCTTGCTAACCGTGGTTGTGCCGATTCTACAATTTTTCTGCTGCCTTTCGAGCATGGCGAGGCTGCCAGGCGTTTGTGAGCGGTATTTTGCGCGCATGAATGCGGCTTTTCCCTTTCTTGCGCATGGGCATTGCCTATAATGTCGCCGACGTGGAACCTGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCgcggccgcccctgctt < 3:403922‑M1/284‑17 (MQ=255) tgtgGAGTTGATCTTGATCATTTTTTACTCGATAGGTCCTTAGGGGGCAACCCGCAGGACATGGCAAAGGGATAATAGTCAGCGCGCCCTTGCTAACCGTGGTTGTGCCGATTCTACAATTTTTCTGCTGCCTTTCGAGCATGGCGAGGCTGCCAGGCGTTTGTGAGCGGTATTTTGCGCGCATGAATGCGGCTTTTCCCTTTCTTGCGCATGGGCATTGCCTATAATGTCGCCGACGTGGAACCTGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCgcggccgcccctgcttgata > 1:321336‑M1/1‑281 (MQ=255) ttggAGTTGATCTTGATCATTTTTTACTCGATAGGTCCTTAGGGGGCAACCCGCAGGACATGGCAAAGGGATAATAGTCAGCGCGCCCTTGCTAACCGTGGTTGTGCCGATTCTACAATTTTTCTGCTGCCTTTCGAGCATGGCGAGGCTGCCAGGCGTTTGTGAGCGGTATTTTGCGCGCATGAATGCGGCTTTTCCCTTTCTTGCGCATGGGCATTGCCTATAATGTCGCCGACGTGGAACCTGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCgcggccgcccctgcttgatac < 4:463798‑M1/300‑22 (MQ=255) gagttgcacgtgagtattttttacgcgagagGTCCCTAGGGTGCAACCCGAAGGACATGGCAAAGGGATAATAGTCAGCGTGCCCTTGCTAACCGTGGTTGTGCCGATTCTACAAGTTTTCTGCGGCCTTTCGAGCATGGCGAGGCTGCCAGGCGTTTGTGAGCGGTATTTTGCGCGCATGAATGCGGCTTTTCCCTTTCTTGCGCATGGGCATTGCCTATAATGTCGCCGACGTGGAACCTGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCgcggccgcccctgcttgatactgg < 2:131954‑M1/286‑25 (MQ=255) 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ccTGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCgcggccgcccctgcttgatactggcccggcgggaggagcgtccgagcggagctggtggtcgccggaaacactagcgcatcatggcggtgaatagcaggccgcatttcgacgcagaggtggtacagtcaacagggtaggtaattcgcagattttgtcatccatccaagtgctaatgctcttggatggggctcagtcccagttgtgactagaggatctgaatgtacaatgcacttctgctaatcgctgcaattgcccttaccgga > 3:53874‑M1/1‑38 (MQ=255) tGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCgcggccgcccctgcttgatactggcccggcgggaggagcgtccgagcggagctggtggtcgccggaaacactagcgcatcatggcggtgaatagcaggccgcatttcgacgcagaggtggtacagtcaacagggtaggtaattcgcagattttgtcatccatccaagtgctaatgctcttggatggggctcagtcccagttgtgactagaggatctgaatgtacaatgcacttctgctaatcgctgcaattgcccttaccggatg < 1:258846‑M1/301‑266 (MQ=255) aaCGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCgcggccgcccctgcttgatactggcccggcgggaggagcgtccgagcggagctggtggtcgccggaaacactagcgcatcatggcggtgaatagcaggccgcatttcgacgcagaggtggtacagtcaacagggtaggtaattcgcagattttgtcatccatccaagtgctaatgctcttggatggggctcagtcccagttgtgactagaggatctgaatgtacaatgcacttctgctaatcgctgcaattgcccttaccggatgcgct > 4:813018‑M1/1‑32 (MQ=255) 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CGAGTTGGAGCATTCGATTGTGGAGTTGATCTTGATCATTTTTTACTCGATAGGTCCTTAGGGGGCAACCCGCAGGACATGGCAAAGGGATAATAGTCAGCGCGCCCTTGCTAACCGTGGTTGTGCCGATTCTACAATTTTTCTGCTGCCTTTCGAGCATGGCGAGGCTGCCAGGCGTTTGTGAGCGGTATTTTGCGCGCATGAATGCGGCTTTTCCCTTTCTTGCGCATGGGCATTGCCTATAATGTCGCCGACGTGGAACCTGACAACGATTGATAGGTTCTGGCTTTACCCGTATCAAGGATCTTTTTGCAATGGCGTTCTACCGTACACCTCACGATGTCACTGCTCTGCCAGCCTGGAAGGCGCTTCAGCAACACCGCGAAGCCATGCGAGGCTTCAGCATGTCCGAAGCCTTTGCCGCCGATGCCAAGCGCTTCGACCAGTTTTCCCTTAGCGCTTGCGGCCTGTTCCTCGACTACTCAAAAAACCTGATCACCGAGCAAAGCCGCGATCTGCTGGTCAACCTGGCCAATGAAGTGGGCCTGCAGGACGCCATCAAGTCGATGTTCAGCGGTGAGATCATCAACGCCTCCGAA > AE015451/2032206‑2032804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |